D'ici 2012, tout un système d'estimation, de comptabilité et de vérification des émissions de gaz à effet de serre devra être mis en action. Tout d'abord, les pays industrialisés doivent avoir accompli en 2005 des « progrès démontrables » vers la mise en œuvre de leurs engagements. Ils soumettront d'ici 2007 des rapports faisant état de ces progrès, qui seront examinés par la Réunion des parties du protocole. Les pays industrialisés parties du protocole devront ensuite établir, au plus tard en 2007, qu'ils disposent d'un système national pour estimer les émissions de GES conforme aux normes établies dans les accords de Marrakech et prêt à appliquer les méthodes agréées. Ils devront aussi présenter pour chacune des années 2008-2012 un inventaire d'émissions de GES conforme aux méthodes agréées, ainsi que des informations supplémentaires spécifiées dans les accords de Marrakech. L'ensemble de ces informations sera examiné par des équipes d'experts qui procéderont à une évaluation technique détaillée de la mise en œuvre de ses engagements par le pays considéré et prépareront un rapport d'évaluation et identifiant les éventuelles insuffisances. La Réunion des parties statuera sur ces rapports et sur les problèmes de mise en œuvre qui y seraient signalés. Avant cela, elle aura à organiser et superviser tout ce travail de vérification des émissions. Les mécanismes de Kyoto vont entrer en fonctionnement. Il s'agit de dispositifs offrant de la souplesse dans la mise en œuvre des engagements. Si le coût de réduire les émissions à l'intérieur d'un pays est élevé, ce pays peut acquérir auprès d'un autre qui a pu réduire ses émissions plus facilement une part du quota de ce dernier dans le cadre des échanges de permis d'émissions. Il peut aussi investir dans des projets réduisant les émissions et soumis à d'étroites vérifications, dans un pays en développement - c'est le Mécanisme de développement propre - ou dans un autre pays industrialisé - c'est le mécanisme de mise en œuvre conjointe. Dans le Mécanisme de développement propre et la mise en œuvre conjointe, les émissions des projets sont comparées à un étalon choisi selon une méthodologie établie. Les réductions d'émissions par rapport à ce terme de comparaison sont créditées au projet et pourront être ajoutées au quota d'un pays acquéreur. Le Mécanisme de développement propre, qui concerne les pays en développement, a bénéficié d'un traitement de faveur. Il a pu entrer en fonctionnement à partir de la Conférence de Marrakech en 2001 sans attendre l'entrée en vigueur du protocole et on peut y créditer des réductions obtenues à partir de 2000. Un conseil de direction a été mis en place, qui a établi des panels pour l'épauler sur le plan technique. Un certain nombre d'« entités opérationnelles désignées », sortes de bureaux d'expertise comptable dont le rôle est - de manière décentralisée - de valider les projets, cautionner les méthodologies, observer la performance des projets, la comparer au terme de référence approprié et proposer à la certification les réductions d'émissions, ont été accréditées. A ce jour, plus de 400 projets ont été validés et les premières réductions d'émissions certifiées ont été récemment attribuées. L'incertitude sur l'après-2012 est la principale entrave aux investissements. La mise en œuvre conjointe devrait pouvoir démarrer rapidement et pourra bénéficier de l'expérience acquise dans le MDP, dont le principe est analogue. La Réunion des parties devra commencer par mettre en place le conseil chargé de superviser ce mécanisme. Le système d'échanges de permis d'émission a une structure de type bancaire. Chaque pays a un compte contenant sa quantité assignée et effectue des transferts et des acquisitions de permis d'émission. Les transactions sont suivies centralement et leur solde en fin de période est ajouté ou retranché du quota. Le travail préparatoire technique a pu être considérablement avancé, mais il reste à la Réunion des parties de mettre en place le suivi central des transactions indispensable au fonctionnement du système. Il faudra aussi mettre en place l'organe chargé d'assister la Réunion des parties à déterminer si les pays sont en conformité ou non avec leurs engagements , et cela ne peut attendre 2012, car cette institution détermine aussi l'éligibilité à participer aux mécanismes d'échange de permis d'émissions. La mise en œuvre du protocole comprend aussi la négociation des engagements pour l'après-2012, qui doit débuter cette année.
