Human Rights Watch dresse un dur réquisitoire dans son rapport 2006 s'agissant de la situation des droits de l'homme au Sahara-Occidental qui continuent d'y être bafoués. Les forces de sécurité - tous corps confondus - usent de la violence pour réprimer les manifestations de protestation, alors que la justice reste encore « inique », indique l'observatoire américain de défense des droits de l'homme (HRW). Celui-ci relève dans son dernier rapport, s'agissant de la situation qui prévaut dans ce territoire, que les autorités d'occupation marocaines procèdent toujours aux arrestations arbitraires de militants sahraouis. Dénonçant les procès iniques contre des militants sahraouis condamnés à de lourdes peines de prison en décembre 2005 et janvier 2006, Sarah Leah Whitson, directrice de la division Moyen-Orient et Afrique du Nord de Human Rights Watch, précise que les droits de l'homme continuent à être violés au Sahara-Occidental. Les forces d'occupation marocaines ont arrêté plus de « 100 personnes dans plusieurs localités du Sahara-Occidental », selon le rapport de HRW qui précise qu'au moins 21 personnes ont été condamnées à des peines allant jusqu'à six années d'emprisonnement. La plupart avaient fait l'objet du chef d'inculpation douteux d'incitation à la violence. En décembre 2005, huit défenseurs des droits humains sahraouis avaient été condamnés à des peines allant de 7 mois à 3 ans de prison ferme. Dans une lettre envoyée au roi Mohammed VI, Sarah Leah Whitson avait déclaré : « Les preuves rassemblées dans les dossiers de ces militants du Sahara-Occidental soulèvent en premier lieu la question du bien-fondé de ces poursuites en justice. » Citant un rapport d'Amnesty International sur la situation des droits de l'homme au Sahara-Occidental, HRW souligne que les manifestants sahraouis ont été soumis à une rare répression policière dans les territoires occupés, certains ayant été torturés après leur arrestation lors de l'intifadha de mai 2005. HRW a appelé les autorités marocaines à mettre fin à l'impunité dont jouissent les responsables de graves violations des droits de l'homme et à leur refuser « toute amnistie ». Dans son rapport 2005 sur les droits de l'homme au Maroc, HRW avait déjà recommandé au gouvernement marocain « de mettre fin à l'impunité des forces de police », responsables d'atteintes aux droits de l'homme et pour qu'il renforce « l'indépendance de la justice ». Par ailleurs, HRW, qui revient sur les dizaines de cas de disparitions forcées, notamment dans les années 1960, 1970 et 1980, appelle les autorités marocaines à reconnaître publiquement que les atteintes aux droits humains ont été commises aux plus hauts niveaux de l'Etat. Human Rights Watch estime, à l'instar de plusieurs rapports d'ONG marocaines, comme l'AMDH, que les responsables des graves violations passées des droits de l'homme exercent toujours de hautes responsabilités dans les différents appareils de l'Etat qui doit « présenter des excuses publiques aux victimes et leur famille ». Enfin, le rapport de HRW, qui appelle les autorités marocaines à cesser leur harcèlement des ONG locales de défense des droits de l'homme, relève la détérioration continue des droits de l'homme au Maroc, notamment le recours systématique à la torture, les détentions secrètes et la prolongation non réglementaire des gardes à vue de suspects, après les événements de mai 2003 à Casablanca.
