Abordant le volet lié à la création de l'activité transport de voyageurs en 2003, l'enquête révèle qu'avant même cette décision, une soumission pour l'affrètement du navire Arrielle était introduite auprès de la Société française de transport maritime (Safina). «Ce qui prouve que les négociations avec la partie française avaient été engagées avant même la création (…) et avant l'obtention de l'autorisation de l'activité et l'exploitation de la ligne Alger-Tunis, auprès de la direction de la marine marchande et du ministère des Transports (…). En décidant d'ouvrir deux agences commerciales pour la vente de billets en France, la compagnie a violé la réglementation bancaire qui définit les activités à l'étranger.» Pour ce qui est de la gestion de la flotte, il est affirmé que durant les années 2002-2004, les opérations d'affrètement et de frètement des navires cargo (marchandises) ont coûté à la compagnie 52 312 482, 24 dollars et la majorité de celles-ci ont été réalisées avec un seul opérateur : le turc Progress Bulk Carriers (PBC) qui a frété quelque 52 bateaux pour un montant global de 3,5 millions de dollars. Cette préférence ne semble pas répondre à la logique des prix mais plutôt à celle des relations. La société PBC a obtenu les contrats grâce à un intermédiaire, de nationalité espagnole, représenté en Algérie par un cadre dirigeant de la CNAN. De par cette position, elle a pu obtenir de nombreux contrats de location de navires, en dépit du fait que la flotte de la CNAN est constituée de bateaux répondant aux mêmes critères que ceux de PBC (El Hadjar, Blida, Nememcha, Nédroma, Sersou). Plus grave, la compagnie a affrété à la société turque des navires (Sersou et Nédroma) à de très bas prix, lui permettant ainsi de les fréter durant la même période à des prix très intéressants. Pourtant, quelque temps après, PBC entre en conflit avec la CNAN, pour un contentieux de 3,6 millions dollars et arrive à le régler rubis sur l'ongle en 2007. En 2004, il a été mis fin aux activités de 3 navires sous prétexte qu'ils n'étaient pas rentables, dans le seul but de les vendre à des prix loin d'atteindre leur valeur vénale sur le marché, leur souscription à l'assurance (durant la même année) ou la facture des travaux de réparation effectués juste avant leur cession (…). Pourtant, l'étude financière réalisée à la demande de la CNAN, par Barry Rogliano Salles, a estimé le prix de 11 navires proposés à la vente à 13 millions de dollars. Or, la cession de 21 bateaux n'a rapporté que 9 405 737 dollars…
