L'affaire Khalifa et les personnes qu'elle implique soulève nombre de questions juridiques. Les derniers rebonds marqués par l'implication à peine voilée du secrétaire général de l'UGTA, mais également du ministre des Finances, Mourad Medelci et aussi de Bouguerra Soltani, ancien ministre du Travail et de la Sécurité sociale ont fait mouche auprès de la société civile. Hormis les questions entourant leur implication réelle et éventuellement criminelle dans cette affaire où se mêlent argent et politique, quelles sont leurs responsabilités juridiques ? La loi les soumet-elle à un régime protecteur ou peuvent-ils se voir reprocher leurs actes devant un tribunal ? Selon le magistrat Louafi, les ministres appelés à témoigner dans une affaire criminelle bénéficient de la protection légale prévue pour tout type de témoin. Cependant, s'il apparaît lors du jugement de l'affaire Khalifa que l'implication d'un ministre est sérieusement établie, une information ne peut être diligentée par l'instruction que sur autorisation du chef du gouvernement. Le magistrat ne précisera pas s'il s'agit là d'une disposition législative ou d'une coutume de bienséance. A son avis, un ministre ne peut être poursuivi en justice sans l'aval du président de la République. Cependant, selon Tayeb Belloula, avocat, la loi est muette à ce sujet. D'un strict point de vue juridique, un ministre peut être poursuivi et inculpé pour crime ou délit commis dans l'exercice de ses fonctions. « Dans ce cas, la compétence est attribuée à la Cour suprême. Il appartient alors au procureur général près cette cour de désigner un magistrat de cette même cour afin de procéder à l'instruction du dossier conformément aux dispositions du code de procédure pénale, sauf en ce qui concerne les attributions de la chambre d'accusation qui sont dévolues à une formation de la Cour suprême », précise maître Belloula. Si le magistrat instructeur pense que les faits reprochés sont criminels, il transmet le dossier au procureur général près la Cour suprême qui elle-même saisit une formation de la Cour suprême qui rendra soit un non-lieu, soit elle renvoit l'inculpé devant la juridiction compétente. « A l'exception de la juridiction dans laquelle l'inculpé exerçait ses fonctions », précise l'avocat. C'est là le seul privilège (privilège de juridiction) accordé aux ministres. Ils ne disposent d'aucune forme d'immunité à l'instar des députés et des sénateurs qui ne peuvent faire l'objet de poursuites sans la levée de l'immunité par le Parlement.
