Selon les déclarations des mis en cause dans des affaires de terrorisme, il y aurait des éléments terroristes qui travaillent pour El Qaïda et font des mosquées leurs bases arrière. Certains membres armés ont reconnu avoir été endoctrinés par les idées et convictions des imams des mosquées et des enseignants du Coran et d'autres activités propres à la mosquée. Des éléments issus des régions de Bach Djarah et Bourouba ont déclarés avoir été incités à rejoindre le terrorisme par leur enseignant de Coran. Parmi les mosquées ayant défrayé la chronique dans des affaires de terrorisme, la mosquée El Wafa Bilaâhd à Kouba, la mosuée Ennaçr à Bach Djarah, la mosquée Malek Ben Nabi, la mosquée Ennaçr et des mosquées dans les régions est et ouest du pays qui étaient et qui sont encore des écoles qui forment les éléments terroristes des groupes armés, à l'instar de Abdelkahar Ben Hadj de la mosquée El Wafa, Abou El Methna, élève d'une mosquée de l'ouest algérien. Ce dernier est considéré comme l'un des chefs de groupes de soutien les plus en vu dans la région. Il y a aussi le petit Abou Mosaâb Ez-zerkaoui qui a fait exploser la caserne de Dellès. Les rapports d'investigations des services de sécurité contiennent des noms de mosquées qui sont considérées comme des bases et lieux de rencontre des jeunes recrues dans les organisations terroristes. Les rapports joints des accusés contiennent de nombreuses mosquées citées dans leurs déclarations. La majorité des mosquées sont spécialisées dans l'enseignement et l'incitation au terrorisme, selon les déclarations de huit accusés issus de la région de Bourouba, Bach Djarah et autres, poursuivit pour appartenance aux groupes terroristes. Ces derniers ont racontés ce qu'ils ont reçu comme enseignement de la part de leur enseignant, L. Aïssa, qui a lui-même rejoint les groupes terroristes. Ce dernier leur parlait de la nécessité du Djihad en Algérie et en Irak. Ces jeunes sont sortis des mosquées, après avoir reçu des enseignements subversifs contre le régime et les autorités algériennes. Ces derniers sont facilement convaincus vu leur niveau intellectuel et aussi par le respect qu'ils vouent à leur enseignant. Les vérités racontées par nombres de repentis qui se sont rendus aux services de sécurité démontrent la sauvagerie et l'ignorance dans lesquels vivent les terroristes dans les montagnes. C'est la loi de la jungle selon les dires de certains. Les jeunes montent au maquis avec l'idée de la création d'un état islamique, mais cette idée est vite partie après un court séjour au sein de ces organisations. Des mosquées à l'ouest du pays au service du terrorisme Les wilayas de l'ouest algérien ont connu une grande activité terroriste dans le domaine de recrutement de jeunes algériens. L'opération commence dans les mosquées selon les éléments arrêtés. L'un d'eux T. Abdelmadjid, alias « Abou El Methna », émir du plus grand groupe de soutien au terrorisme en Algérie, issu de l'une des mosquées de la wilaya de Tiaret et des éléments armés qui ont fait des mosquées de s régions de l'ouest un lieu de rencontre, telle que la wilaya de Mostaganem, Tiaret et Tlemcen qui est considérée la plus importante où activent le groupe de Abou El Methna. D'autres à l'est du pays Parmi les wilayas de l'est dont les mosquées ont été citées dans les rapports, la wilaya de Msila. Les mis en cause dans des affaires de terrorisme ont déclarés avoir reçu le soutien de l'imam de la mosquée afin de rejoindre les combattants en Irak. L'accusé S.D, poursuivit pour terrorisme et ayant été innocenté. Ceci en plus d'une mosquée d'une résidence universitaire dans la wilaya de Constantine, qui fut fermée durant les années noires, suite au investigations des services de sécurité.
