L'homéopathie, telle que définie par Hahnemann, repose sur trois règles fondamentales : la règle de similitude, l'individuation du traitement et la dynamisation. Nous avons déjà exposé le principe de similitude : une substance, qu'elle soit végétale, minérale ou animale susceptible de produire chez le sujet sain les manifestations d'une maladie peut guérir, chez le sujet malade ces mêmes manifestations. C'est le principe du Similia similibis curanteur (soigner par ce qui est semblable). Ce principe, connu des anciens, était, par exemple, appliqué dans le cas de l'inoculation. Ainsi, les voyageurs dans l'empire turc ont rapporté cette pratique qui consistait à inoculer des croûtes de varioleux dans les narines pour provoquer une légère maladie qui immunisait par la suite l'individu. C'est le principe de soigner le mal par le mal, que Pasteur, au XIXe siècle allait formuler dans la vaccination. La deuxième règle est l'individuation du traitement : chaque malade doit avoir son traitement, en fonction des symptômes qu'il manifeste. Ainsi, tout traitement doit être individualisé, un médicament efficace dans un cas pouvant devenir inefficace, voire dangereux dans un autre. Cela suppose un long dialogue avec le patient et un essai préalable sur des personnes saines. Cependant, aujourd'hui, on sait qu'un certain nombre de médicaments homéopathiques,comme l'Oscillococcinium ou le fameux sédatif PC sont fabriqués industriellement et prescrit à plusieurs malades. la troisième règle est celle de la dynamisation : la substance est toujours diluée et fortement agitée.
