Les expériences de Mesmer ne provoquent pas que de l'admiration : de nombreux médecins parisiens, se sentant fortement concurrencés, portent plainte contre ses procédés. On l'accuse de charlatanisme et on demande qu'on mette fin à ses activités sur le territoire français. Une commission d'enquête — dans laquelle figurent de grands noms de la science et de la médecine de l'époque, parmi eux Franklin et Lavoisier de l'Académie des sciences et de la médecine — est nommée par le roi. Ses membres, après avoir assisté à plusieurs séances de magnétisation, concluent que le magnétisme animal n'est opérant que lorsque les patients sont avertis qu'on les magnétise et que Mesmer est dans la pièce, avec sa baguette. Autrement dit, s'il y a des effets sur les malades, ils sont exclusivement dus à l'imagination et non à quelque fluide qui existerait dans la nature. Une seconde commission s'apprête à faire les mêmes conclusions quand l'un de ses membres, le botaniste Laurent de Jussieu, se rétracte et annonce qu'il est convaincu de l'existence du fluide. En fait, il a été témoin d'une guérison : une jeune aveugle à laquelle Mesmer a rendu la vue en la touchant de sa baguette. La commission ne condamne pas moins les théories de Mesmer et, celui-ci, en partie discrédité, quitte la France pour la Suisse (1784). Il ne laissera pas moins de nombreux partisans qu'on va nommer les mesmériens ou les «fluidistes», par opposition aux «animistes» ou partisans de l'explication par l'imagination.
