Selon une étymologie courante, Mostaganem viendrait de l'arabe et se décomposerait en machta et ghanem (station hivernale des éleveurs de moutons) ; une autre explication en fait marsa lghanem (le port du butin) ; une autre encore en fait mesk al-ghanâ'im (le meilleur des profits ou des butins). On cite, à propos de cette étymologie, ce vers de Sidi Ahmed Benyoucef, le mystique originaire de la Qalaâ des Béni Rached, qui a visité la ville au XVe siècle : «Mostaganem, ô mesk al-ghana'im, qui y entre trouve le bonheur, qui la quitte éprouve la plus vive des nostalgies, qui se montre injuste à son égard ne mourra pas de belle mort.» Une quatrième étymologie voit dans le nom un composé de l'arabe mechta et du berbère aghanim (roseau) et signifierait «la station aux roseaux». On dit aussi que Mostaghanem est un composé berbère qui signifierait «canne à sucre». Il se peut aussi que le nom actuel perpétue le nom antique de la période romaine, Murustaga. Le nom de Tigdit, cité comme le premier toponyme de Mostaganem et qui est aujourd'hui le nom d'un de ses quartiers, vient aussi du berbère et signifie non pas «la nouvelle ville», Tigdit étant, au contraire, le noyau primitif de la ville, mais «sablière», de igdi, ijdi, nom du sable en berbère.
