Outre les oueds cités, trois autres font office de collecteurs : l'oued Bougous, Mellila et El-Kébir. Les lacs d'El-Kala sont le refuge de milliers d'oiseaux, résidents ou migrateurs : poules d'eau, foulques, grèbes, canards, hérons cendrés, aigrettes, cigognes. Sans oublier les oiseaux rares, comme les cormorans nains. L'Algérie bénéficie de l'aide internationale pour protéger, dans le cadre du traité de Ramsar, le réseau de migration des oiseaux et les espèces animales, pour la plupart endémiques. Cet ensemble, unique en Algérie et dans le Bassin méditerranéen, est aujourd'hui en danger. L'agriculture intensive fait peser de lourdes menaces sur les zones environnantes : le pompage excessif risque d'assécher les lacs, comme cela s'est déjà produit pour le lac Oubeïra en 1990, entraînant la mort de millions de poissons et la dégradation de la végétation aquatique. Le déboisement réduit la couverture végétale, provoquant l'érosion des sols et faisant courir le risque de disparition de la flore et de la faune. Le pillage de sable risque de faire disparaître le cordon de dunes continentales. Il est heureux que le projet d'autoroute Est-Ouest qui devait traverser le Parc, soit, sous la pression publique, détourné de ce trajet qui aurait porté un grand préjudice à ce que beaucoup considèrent comme un paradis terrestre.
