L'Europe, qui reçoit par les ports maghrébins, les produits du Sahara et de l'Afrique noire, s'est mise, à partir du XIXe siècle, à convoiter le contrôle des grandes routes caravanières. La période des expéditions militaires a été précédée par des traversées individuelles, entreprises par des explorateurs : les Anglais, Hugh Clapperton et Dixon Denham, le Français, René Caillé, en 1828, les Allemands, Heinrich Barth et Gustav Nachtigal quelques années plus tard. sous le couvert de voyages ou d'enquêtes scientifiques (relevés botaniques, études linguistiques, comme c'est le cas du père Charles de Foucault, dans l'Ahaggar), ces explorateurs fourniront de précieux renseignements aux militaires qui se lanceront plus tard dans la conquête du désert. Après la prise d'Alger, en 1830, les Français vont occuper les régions à l'orée du désert (Laghouat, Djelfa, Bousaâda...) avant de s'attaquer au grand sud. Mais la résistance sera telle qu'il leur faudra plusieurs années avant d'occuper les villes les plus importantes. Il faudra attendre 1900, pour voir les Français, chassés de l'Ahaggar après le massacre de la colonne Flatters en 1881, s'installer à In Salah et 1910 pour les voir occuper Djanet. Après la Seconde Guerre mondiale, d'importants gisements de pétrole sont découverts dans le Sahara algérien. Au cours de la Guerre de Libération, les Français chercheront à détacher le Sahara du reste de l'Algérie pour conserver les hydrocarbures, mais les Algériens poursuivront la guerre jusqu'à la libération totale de leur territoire.
