La JSM Béjaïa, vice-championne d'Algérie, affrontera la formation nigérienne de l'Olympique FC au tour préliminaire de la Ligue des champions d'Afrique, tandis que l'ES Sétif, champion d'Algérie en titre, est exemptée de ce tour. La JSMB accueillera l'Olympique FC au stade de l'unité maghrébine, lors du match aller, prévu entre le 15 et 17 février 2013, avant de se rendre à Niamey, quinze jours plus tard. En cas de qualification pour les 16es de finale, les protégés d'Alain Michel croiseront le fer avec le vainqueur de la double confrontation entre les Ghanéens d'Asante Kotoko et Sony Nguema (Guinée Equatoriale). Le match aller, de ce tour, est programmé entre le 15 et le 17 mars 2013 et le match retour, entre le 5 et le 7 avril. De son côté, l'ESS, qui est exemptée du tour préliminaire, affrontera, en 16es de finale, le vainqueur de la double empoignade entre AS PAC (Bénin) et ASFA (Burkina Faso). Les Sétifiens joueront la manche aller en déplacement, avant d'accueillir leur adversaire au stade du 8 Mai-1945. En coupe de la confédération, l'USM Alger, seul représentant algérien, engagé, est exemptée du tour préliminaire. En 16es de finale, les Rouge et Noir affronteront le vainqueur de la double confrontation entre Panthère de Ndé (Cameroun) et Elect S (Tchad). L'USM Alger disputera le match, hors de ses bases, entre le 15 et le 17 mars, avant d'accueillir leur prochain adversaire, entre le 5 et le 7 avril 2013.
