Des questions se posent quant à l'impact potentiel de nouveaux ravageurs migrants des plantes sur les moyens d'existence, la sécurité alimentaire et les marchés mondiaux. Le système de prévention et de réponse rapide contre les ravageurs et les maladies transfrontalières des animaux et des plantes dit Empres, tente d' y répondre pour atténuer les effets de ces autres menaces transfrontalières, le modèle de gestion du Criquet pèlerin, qui d'ores et déjà, a fait ses preuves. Suite à une décision des organes directeurs de la FAO, l'Empres a été établi en 1994 avec l'objectif d'augmenter la sécurité alimentaire mondiale et de combattre les ravageurs et maladies transfrontalières des animaux et des plantes, en particulier le Criquet pèlerin et la peste bovine. La composante "santé végétale d'Empres s'est jusqu'à présent concentrée sur le Criquet pèlerin, renforçant les capacités de gestion préventive contre cette espèce dans 18 pays affectés d'Afrique et du Proche-Orient pour réduire le risque d'invasion. Le programme Empres Criquet pèlerin est appuyé par le service d'information sur le Criquet pèlerin de la FAO qui suit quotidiennement les situations acridiennes et les conditions environnementales, établit des prévisions et prépare des alertes et des avertissements précoces à l'attention des pays membres. Les idées maîtresses du programme Empres sont l'alerte et la détection précoces, les plans de gestion des risques, la réaction rapide, la promotion de technologies de lutte respectueuses de l'environnement ainsi qu'une collaboration et un partenariat étroits avec les pays affectés, les centres nationaux et internationaux de recherche en agriculture et d'autres organisations internationales. La rouille des tiges du blé constitue une autre menace transfrontalière des plantes a fait son apparition en 1999 quand une nouvelle souche virulente d'une maladie fongique, la rouille des tiges du blé (Ug99), a été identifiée en Afrique de l'est. Cette souche est pathogène pour plus de 80% de toutes les variétés de blé cultivées dans le monde et pourrait entraîner des pertes de rendement dévastatrices si sa propagation n'est pas enrayée. Depuis son apparition, cette souche a été signalée en Ouganda, au Kenya, en Éthiopie, au Soudan, au Yémen et, fin 2007, dans les principales zones à blé d'Iran. Les spores de la rouille sont transportées par le vent et sont affectées par des conditions météorologiques similaires à celles qui influent sur les recrudescences et migrations acridiennes; en conséquence, des mécanismes de suivi analogues peuvent être appliqués à Ug99. Les régions d'Afrique de l'est, du Proche-Orient et d'Asie centrale et méridionale qui sont à risque immédiat représentent 37% de la production de blé mondiale. À travers son Programme mondial contre la rouille du blé (WRDGP), initié en 2008, la FAO promeut une action d'ensemble pour réduire la vulnérabilité aux nouvelles maladies liées à la rouille du blé et faciliter l'établissement d'un système international durable pour en diminuer la menace. La FAO aide actuellement les pays d'Afrique à répondre à d'autres urgences dues à des ravageurs et maladies transfrontalières des plantes. En Afrique de l'est, des cultures de base sont menacées par de graves maladies de la banane et du manioc, disséminées par des pratiques culturales, des déplacements de matériel végétal et, dans quelques cas, d'insectes vecteurs. La bactérie de la fusariose du bananier (BBW ou BXW) menace la production en Ouganda et dans les pays voisins depuis 2002. De réels progrès ont été faits dans la compréhension de la transmission et la gestion de cette maladie. Les écoles d'agriculture de terrain ont énormément contribué au contrôle de la propagation de la maladie et à la réhabilitation des plantations de bananiers dans de nombreuses zones du pays. Les maladies virales que sont la mosaïque et la marbrure du manioc menacent cette culture clé pour la sécurité alimentaire dans la région des grands lacs, en Afrique de l'est. Les programmes d'urgence ont tenté de multiplier du matériel végétal de variétés de manioc tolérantes à ces maladies mais l'approche reste encore problématique.
