La délégation de l'Union européenne (UE) à Rabat doit limiter ses actions, dans le cadre de l'accomplissement de son mandat, au territoire internationalement reconnu du Maroc et exclure le Sahara occidental, ont plaidé des eurodéputés. Dans une question écrite adressée à la Commission européenne, de nombreux députés européens dont Bodil Valero, Josep-Maria Terricabras, Neoklis Sylikiotis et Renata Briano ont appelé la chef de la diplomatie européenne, Federica Mogherini à "confirmer que le mandat géographique et les activités de la délégation de l'UE au Maroc et de son personnel soient strictement limités au territoire internationalement reconnu du Maroc, et excluent le territoire du Sahara occidental". Soulignant le statut "séparé" et "distinct" du Sahara occidental par rapport au Maroc tel que confirmé par la Cour européenne de justice (CJUE) dans son arrêt du 21 décembre 2016, les eurodéputés ont rappelé que le Commissaire européen à l'énergie et à l'action pour le climat, Miguel Arias Caneté avait déclaré que la Commission "tiendra dûment compte du statut séparé et distinct du territoire du Sahara occidental au regard du droit international". De nombreux autres eurodéputés dont Javier Couso Permuy, Brando Benifei, Eleonora Evi, Fabio Massimo Castaldo et Isabella Adinolfi ont interpellé la Commission sur la visite organisée par la direction générale de la santé et de la sécurité alimentaire (DG SANCO) dans les territoires occupés du Sahara occidental. Une visite destinée à mettre à jour la liste des entreprises autorisées à exporter leurs produits vers l'UE, alors que la CJUE a stipulé qu'aucun accord commercial avec le Maroc ne peut être appliqué au Sahara occidental. La mission de la DG SANCO s'était rendue le 7 décembre dernier dans plusieurs bureaux vétérinaires "dans le but de vérifier les systèmes de contrôle sanitaire existants en vue de mettre à jour la liste des entreprises autorisées à exporter leurs produits vers l'UE", a écrit la Commission en réponse à une organisation sahraouie qui demandait à rencontrer la délégation. Les députés européens ont exigé, à ce titre, de la Commission de fournir une liste des établissements qu'elle a visités au cours de cette mission, et de préciser si des membres du personnel de la délégation de l'UE au Maroc ont participé à cette mission. L'arrêt de la CJUE de décembre 2016 exclue définitivement le territoire du Sahara occidental du champ d'application des accords d'association et de libéralisation conclus entre l'UE et le Maroc, et reconnaît "sans aucune ambigüité" au peuple sahraoui le droit à l'autodétermination et à la souveraineté permanente sur ses ressources naturelles comme énoncé par la Charte des Nations unies. Dans son arrêt, la CJUE reconnaît également au peuple sahraoui le droit d'être reconnu comme un tiers susceptible d'être affecté par la mise en oeuvre des accords UE-Maroc, qui doit ainsi donner son consentement quant à l'exploitation et à l'exportation de biens en provenance de son territoire. En février 2018, la Cour européenne de justice a conclu également que l'accord de pêche UE-Maroc n'est pas applicable au Sahara occidental et aux eaux y adjacentes. Selon la CJUE, l'inclusion du territoire du Sahara occidental dans le champ d'application de l'accord de pêche enfreindrait plusieurs règles de droit international général applicables dans les relations entre l'Union et le Royaume du Maroc, notamment le principe d'autodétermination.
