Les décisions prises par les commissions de discipline et de l'arbitrage provoquent le courroux de plusieurs clubs du championnat professionnel de Ligue 1. Des clubs reprochent à la commission de discipline de prendre des décisions contraires au code disciplinaire de la FAF. Cette même commission traite certaines affaires avec célérité, alors qu'elle dépasse les délais de traitement d'autres affaires relevant de ses compétences, ce qui a amené plusieurs dirigeants de club à accuser cette commission de prôner la politique du deux poids deux mesures. A titre d'exemple, l'affaire CABBA-MCA qui a été traitée avec célérité et maladresse a fait réagir d'autres clubs, qui accusent la commission de discipline. Pour se défendre, cette commission a fait savoir qu'elle se base sur les rapports des officiels, à savoir les arbitres et les délégués des matches. Il se trouve que les rapports de certains officiels et arbitres ne relatent pas fidèlement les faits d'où les décisions incompréhensibles de la commission de discipline. Du coup, c'est la commission fédérale d'arbitrage (CFA) qui est mise à l'index. En effet, les prérogatives de cette commission semblent se limiter à la désignation des arbitres des matches de championnat, ignorant carrément les aspects développement et formation. Pour rappel, Messaoud Koussa qui est membre élu du bureau fédéral avait exigé en sa qualité de président de la commission fédérale d'arbitrage de s'impliquer directement dans la désignation des arbitres. Le président de la FAF, Kheireddine Zetchi, avait alors refusé l'exigence de Koussa, lequel avait fini par être écarté de la CFA pour être remplacé par Ghouti. Ce dernier a déjà déclaré qu'il ne s'occupe pas de la désignation des arbitres, cette mission ayant été confiée à Mokhtar Amalou qui est un ancien arbitre, actuellement salarié de la FAF. Cette anomalie de la part de la FAF a provoqué des suspicions et des questionnements chez plusieurs dirigeants de club qui accusent directement la fédération de gérer les arbitres avec opacité. Ainsi les deux principales commissions de la Ligue (discipline) et de la fédération (arbitrage) suscitent des réserves alors que le championnat n'est qu'à sa 12ème journée. Qu'en sera-t-il vers la fin du championnat quand chaque point vaudra son pesant d'or. Des présidents de club accusent la FAF et la LFP de s'immiscer dans les décisions des commissions de discipline et d'arbitrage. Il s'agit d'une manière d'inciter à la violence d'autant plus que certains clubs se sentent marginalisés par rapport à d'autres. En somme, la gestion des commissions de discipline et d'arbitrage aura dévoilé le manque de compétence de la fédération et de la ligue de gérer le championnat et le football en Algérie.
