Malgré tous les résultats affichés depuis son lancement en 2004, le système LMD continue d'alimenter les débats quant à sa rentabilité sur le terrain. L'université Badji Mokhtar entame, à partir de la rentrée 2009, la deuxième étape du système Licence-master-doctorat (LMD), en l'occurrence la formation de masters. Cette option vise à confirmer « la réussite » du premier palier, « licence », avec la prise en charge de toutes les offres de formation de masters proposés à tous les diplômés, et ce conformément à leurs spécialités. Pour le recteur, Mohamed-Tayeb Laskri, la formation de masters n'est pas « une mince affaire », « mais, dit-il, les énormes potentialités dont nous disposons vont nous permettre de relever ce défi, car il s'agit de les rentabiliser au maximum, de manière rationnelle ». Le dispositif devant garantir cette formation en post-graduation LMD a été déjà mis en place au niveau des départements concernés. En outre, la préparation de la troisième étape, « doctorat », a été aussi entamée à la faveur d'une proposition d'ouverture de master-recherche, a annoncé le recteur de l'université Badji Mokhtar, qui souligne : « Ce n'est pas un hasard si nous focalisons sur le système LMD, car nous estimons et sommes profondément convaincus qu'il constitue une opportunité formidable pour revoir nos programmes de formations et nous mettre ainsi au diapason des meilleures universités du monde. » Et d'ajouter : « Les récentes dispositions de la grille des salaires de la fonction publique, remettant l'enseignant à la place qu'il n'aurait jamais dû quitter, c'est-à-dire la plus haute catégorie de salaires, constitue une puissante motivation pour mener à bien ces tâches ardues. » L'université Badji Mokhtar compte 7 facultés, 34 départements, 95 spécialités et options couvrant la presque-totalité des sciences, 1700 enseignants, dont plus de 25% de rang magistral (supérieur à la moyenne nationale), plus de 46 000 étudiants et 49 laboratoires de recherche.
