C'est parti et bien parti du côté de l'université Badji Mokhtar dans le domaine de l'application des grands axes de la réforme. Et si en 2004, avec la mise en application du système portant licence-mastère-doctorat (LMD), le départ a été timide, ce n'est plus le cas actuellement. L'extension des capacités d'accueil de l'université avec la réalisation du nouveau pôle universitaire d'El Bouni, la réception d'une quarantaine de laboratoires, la multiplication des rencontres, séminaires, colloques et forums et la décentralisation dans la gestion des structures pédagogiques, la libéralisation des initiatives font partie intégrante des dispositions portant réforme de l'enseignement supérieur. Dans ce registre, Annaba se classe en tête de file des plus grandes universités après Alger, Oran et Constantine. Particulièrement dans le domaine du LMD. Les initiateurs affirment que dans les axes majeurs de la réforme est classée prioritaire une architecture des études fondée principalement sur l'obtention de 3 grades LMD structurant l'enseignement supérieur. Il est également souligné l'organisation en semestres et en unités d'enseignement capitalisables transférables. En 3e position, est classée l'adoption d'un système de crédits accompagné de la délivrance d'une annexe descriptive aux diplômes afin d'assurer leur lisibilité au plan national et international. En 2007, ce système pourrait faire le bonheur de 2600 étudiants conformément à la nouvelle architecture à 3 paliers LMD, avec une actualisation des programmes. Le système prend pour base la demande et non l'offre avec une réduction de la charge pédagogique en présentiel au rythme de 25 h/semaine et d'un travail personnel valorisé. LMD ou lisibilité (pour licence), mastère (pour mobilité) et doctorat (pour démarche qualité). Les nouveaux bacheliers et les étudiants LMD n'ont cure de cette tendance à l'imprégnation et à l'adaptation à la vie universitaire et de découverte disciplinaire. Comme ils ne s'attardent pas sur cette proposition qui leur est faite d'approfondir leurs connaissances, de bénéficier d'une orientation progressive et de disposer d'une spécialisation. « Tout ce que je veux, c'est décrocher un diplôme universitaire, trouver du travail et fonder un foyer » est le souhait de tout étudiant et étudiante. Adopté en conseil des ministres du 30 avril 2002 après avoir fait l'objet d'une profonde réflexion d'experts et d'universitaires, conforté lors de la conférence nationale des chefs d'établissement les 7 et 8 janvier 2004 à Annaba, mis en route dès la rentrée 2004, le LMD n'avait été lancé que dans 10 établissements universitaires. A Annaba, ils étaient à peine 2353 à s'inscrire en mathématiques, informatique, technologie, physique, chimie, biologie, biochimie et sciences de la mer. Suite à un concours national lancé le 14 mars 2005, plusieurs dizaines d'étudiants ont réussi à avoir leur visa pour des bourses d'études à l'étranger. Deux années après, ils y sont encore. Ils seront davantage avec la concrétisation des projets de coopération universitaire algéro-français. Il s'agit principalement des universités du Nord-Pas-de-Calais, telles que celles de Lille, Dunkerque, Valenciennes, Arras et l'Université de Montpellier.
