Plusieurs groupes ou organisations islamistes armés sont actifs en Afrique, dont les plus réputés sont des extrémistes, à l'image de ceux qui occupent depuis fin mars-début avril le nord du Mali. Il n'existe pas d'estimation claire de leurs effectifs qui n'excède pas quelques milliers, ces groupes extrémistes enregistrant des pertes lors de combats, des ralliements définitifs ou renforts temporaires de combattants venus essentiellement, pour les groupes opérant au Sahel, du Maghreb, de Mauritanie et de plusieurs pays d'Afirque de l'Ouest. Le président nigérien Mahamadou Issoufou a affirmé que des jihadistes "afghans et pakistanais" étaient présents dans le nord du Mali comme "formateurs". AL-QAIDA AU MAGHREB ISLAMIQUE (AQMI) Issue de l'ex-Groupe salafiste pour la prédication et le combat (GSPC) algérien, Aqmi a fait allégeance à Al-Qaïda et dispose depuis 2007 de bases dans le Nord malien, d'où elle commet régulièrement des attaques et enlèvements d'Occidentaux dans plusieurs pays du Sahel. Aqmi est dirigée par des Algériens, parmi lesquels Mokhtar Belmokhtar dit "Le Borgne" et Abou Zeïd. ANSAR DINE (DEFENSEURS DE L'ISLAM) Dirigé par Iyad Ag Ghaly, ex-militaire et ex-figure des rébellions touareg des années 1990 au Mali, Ansar Dine prône l'imposition de la charia dans tout le Mali. Il ne réclame pas l'indépendance du nord de ce pays, au contraire de la rébellion touareg du Mouvement national de libération de l'Azawad (MNLA) avec lequel il a participé à une offensive ayant conduit à la chute de cette région entre les mains de divers groupes armés, entre le 30 mars et le 1er avril. "Tous ceux qui ne sont pas sur la voie d'Allah (Dieu) sont des mécréants. (...) Nos ennemis sont les mécréants et les polythéistes" comme les "Occidentaux incultes", affirmait récemment Ag Ghaly sur les ondes d'une radio locale de Tombouctou (nord-ouest du Mali), mythique ville sous contrôle d'Ansar Dine comme Kidal (extrême nord-est), son fief. Le groupe a des liens avec des cellules d'Aqmi dont des combattants l'appuient et il est désormais ouvertement soutenu par des chefs d'Aqmi. LE MOUVEMENT POUR L'UNICITE ET LE JIHAD EN AFRIQUE DE L'OUEST (MUJAO) Le Mujao, qui a longtemps été présenté comme une dissidence d'Aqmi, en est en réalité "un faux nez, tout comme Ansar Dine", estime un expert franco-africain des islamistes présents dans le Nord malien. Ce mouvement prône le jihad en Afrique de l'Ouest, il a revendiqué des enlèvements à Gao (nord-est du Mali), mais aussi en Algérie, où il a également revendiqué plusieurs attentats sanglants contre des forces algériennes. Le Mujao, qui était très présent à Gao, s'en est rendu totalement maître en évinçant le MNLA fin juin à l'issue de violents combats (au moins 35 morts). Récemment, Aqmi a révélé avoir été impliquée dans ces affrontements et être intervenue contre le MNLA. Les membres du Mujao sont environ "150-200, mais ils sont bien armés, bien financés et très motivés", selon Pierre Boilley, chercheur français spécialiste du Sahara et des Touaregs. BOKO HARAM Ce groupe islamiste revendique de fréquentes attaques au Nigeria, pays le plus peuplé d'Afrique à la cohabitation heurtée entre chrétiens et musulmans. Boko Haram est particulièrement actif dans le Nord, essentiellement musulman, mais il a déjà mené des assauts dans le Centre, notamment à Abuja. On estime qu'il est actif depuis 2002, et avait été maîtrisé jusqu'à une sévère offensive de l'armée nigériane contre lui en 2009. Les actes de violences qui lui sont imputés ont fait près de 1.000 morts depuis début 2011. LES SHEBAB Les islamistes shebab, affiliés à Al-Qaïda, sont actifs en Somalie, dont ils contrôlent le deuxième port le plus important, Kismayo (après celui de Mogadiscio). Ils font l'objet d'une pression militaire accrue depuis quelques mois les ayant contraints à quitter Mogadiscio: ils sont pris dans l'étau d'une offensive armée régionale des troupes éthiopiennes et kényanes qui se sont lancées à leur poursuite en soutien des troupes gouvernementales, et de la force de l'Union africaine (Amisom). Mais ils contrôlent toujours de larges parties du centre et du sud somaliens. Depuis sa décision d'intervenir militairement en Somalie en octobre 2011, le Kenya a subi une série d'attentats attribués systématiquement par Nairobi aux islamistes somaliens shebab. Les shebab ont revendiqué en juillet 2010 un double attentat ayant fait 76 morts à Kampala, en Ouganda. En février, ils étaient estimés globalement à entre 5.000 et 8.000 hommes, dont environ 2.000 seraient des réguliers, bien entraînés et prêts au combat.
