L'organisation et les missions dévolues aux assemblées élues et aux institutions de l'Etat sont définies dans bon nombre d'articles de la Constitution. Le Gouvernement, le Parlement et le Conseil constitutionnel, la Cour des comptes sont, entre autres, les organes cités. L'article 162, est clair là-dessus : « Les institutions et organes de contrôle sont chargés de vérifier la conformité de l'action législative et exécutive avec la Constitution et de vérifier les conditions d'utilisation et de gestion des moyens matériels et des fonds publics ». Le Gouvernement, dans l'une de ses tâches, rend compte, à chaque chambre du Parlement, de l'utilisation des crédits budgétaires votés pour chaque exercice budgétaire. La loi prévoit, à ce propos, que chacune des deux chambres peut, dans le cadre de ses prérogatives, instituer à tout moment des commissions d'enquête sur des affaires d'intérêt général. Le Conseil constitutionnel, chargé de veiller au respect de la Constitution, à la régularité des opérations de référendum, de l'élection du président de la République et des élections législatives, de proclamer les résultats, est cité dans plusieurs textes de la Constitution définissant son mode opératoire. Conformément aux dispositions de l'article 164, le Conseil Constitutionnel est composé de neuf membres : trois désignés par le président de la République dont le Président, deux élus par l'APN, deux élus par le Conseil de la Nation, un élu par la Cour suprême, et un élu par le Conseil d'Etat. Aussitôt qu'ils sont élus ou désignés, les membres du Conseil Constitutionnel cessent tout autre mandat, fonction, charge ou mission. Le président de la République désigne, pour un mandat unique de six ans, le président du Conseil constitutionnel. Les autres membres remplissent un mandat unique de six ans, qui sont renouvelés par moitié tous les trois ans. « Outre les autres attributions qui lui sont expressément conférées par d'autres dispositions de la Constitution, le Conseil constitutionnel se prononce sur la constitutionnalité des traités, lois et règlements, soit par un avis si ceux-ci ne sont pas rendus exécutoires, soit par une décision dans le cas contraire », stipule l'article 165. Le Conseil, poursuit le même article, se prononce également sur la conformité à la Constitution du règlement intérieur de chacune des deux chambres du Parlement. Dans le cas où le Conseil juge qu'un traité, accord ou convention est inconstitutionnel, sa ratification ne peut avoir lieu, de même pour les dispositions réglementaires « inconstitutionnelles », qui perdent tout effet, comme il est mentionné dans les textes 168 -169. La Cour des comptes, elle, est chargée du contrôle des finances de l'Etat, des collectivités territoriales et des services publics. La Cour établit un rapport annuel qu'elle adresse au président de la République. Des institutions consultatives sont également instituées auprès du Président, à l'image du Haut conseil islamique et du Haut conseil de sécurité.
