Les milieux scientifiques, dont celui de l'Académie, restent hostiles au magnétisme animal. En 1812, le secrétaire de l'Académie française de médecine, le docteur Antoine-François Jénin de Montègre, publie une critique acerbe du magnétisme. Il lui reproche de favoriser l'irrationnel, d'être immoral et de pousser le peuple à l'abrutissement. Les partisans de Mesmer ne se sentent pas battus et vont tenter d'obtenir une réhabilitation du magnétisme animal. En 1825, Pierre Foissac, un mesmérien convaincu, adresse un mémoire à l'Académie pour défendre le fluide magnétique. Selon lui, celui-ci est susceptible d'ouvrir de nouvelles voies à la science et à la médecine, et d'obtenir de meilleurs résultats que ceux auxquels parviennent les médecins. Les «fluidistes», comme on les appelle, réussissent à obtenir la désignation d'une nouvelle commission d'enquête. Alors que certains membres sont toujours hostiles au magnétisme, d'autres, tel le professeur Husson qui préside la commission, se montrent favorable au mesmérisme dont il juge les effets bénéfiques dans le traitement des maladies. Les enquêteurs assistent à de nombreuses expériences et, en 1831, ils rendent leur rapport. On reconnaît que le magnétisme s'est montré efficace dans le traitement de certaines maladies, notamment dans l'ablation d'une tumeur, réalisée sous sommeil hypnotique, sans que le patient manifeste le moindre signe de douleur. Il y a aussi le cas d'un paralytique, jugé incurable, et guéri, grâce au magnétisme, par le docteur Foissac, etc.
