Les usages médicaux du citrons sont connus. Depuis longtemps, il a été l'un des remèdes, avec l'oignon, contre le scorbut. Les bateaux, qui devaient parcourir de longues distances et qui manquaient de produits frais, l'utilisaient pour prévenir cette terrible maladie. Les anciens Egyptiens l'employaient comme antidote contre les poisons, usage que l'on retrouve également en Perse où le citron est appelé banzahîr, mot signifiant «contre les poisons». On l'utilisait aussi pour soigner les maladies infectieuses, propriété reconnue aujourd'hui par la médecine moderne Le citron est également un bon antiseptique dont l'activité a été, à maintes reprises, démontrée en laboratoire. Les médecins musulmans reconnaissaient au citron de nombreuses vertus. Dâwud al-Ant'âkî, par exemple, cite dans son Memorandum de la médecine, plusieurs utilisations : il calme les douleurs inflammatoires, il coupe la soif et arrête les vomissements, il combat les poisons (notamment son écorce), il donne de l'appétit, il renforce l'estomac. Son écorce, séchée et réduite en poudre puis mélangée à parts égales avec du sucre, combat les étourdissements. On préparait un fortifiant à base de feuilles, de fleurs, d'écorce et de chair de citron confites dans du sucre mélangé à parts égales. Avec de l'huile, du vinaigre et du jus de citron, il s'applique aussi aux migraines — sur la tête et le front — en le maintenant avec un bandeau. Le citron entre également dans les potions dépilatoires : on fait cuire du jus de citron, du sucre et de l'eau et on applique le produit obtenu encore chaud sur les poils.
