Le sous-encadrement de l'administration fiscale, surtout au niveau local, et l'évasion fiscale engendrée par la quasi-absence de facturation des transactions commerciales, notamment informelles, font échapper à l'impôt une grande part de ressources. L'administration fiscale, en Algérie, notamment au niveau local, reste sous-encadrée, et le niveau général des salaires de la fonction publique est jugé globalement insuffisant. C'est ce que relève le dernier rapport de la banque Africaine de développement sur les perspectives économique en Afrique. Le document indique que les entreprises gèrent mal leur TVA et peu d'entre elles tiennent une comptabilité analytique probante. Une expertise a été recrutée pour la mise en place dans un premier temps d'un système de télé-déclaration fiscale au profit de la DGE, qui sera élargi par la suite aux autres contribuables afin d'assurer un meilleur respect des obligations fiscales. Le sous-encadrement de l'administration fiscale, surtout au niveau local, et l'évasion fiscale engendrée par la quasi-absence de facturation des transactions commerciales, notamment informelles, font échapper à l'impôt une grande part de ressources. L'administration fiscale, qui était organisée par catégorie d'impôt, a opté pour un système basé sur des missions (assiette, vérification, contentieux), conçu dans un cadre de polyvalence et de déconcentration de la gestion. L'absence d'encadrement des marchés de gros et la liberté laissée aux opérateurs, notamment agricoles, de commercialiser des volumes importants de biens hors de ces marchés, ajoute à la faible collecte de ressources fiscales. Le secteur informel, qui représenterait plus de 35 % de l'activité économique, ainsi que les indépendants, soumis pour la plupart à un impôt forfaitaire, sont à l'origine d'un important déficit de recettes fiscales. Par ailleurs, face aux tentatives de l'administration de les formaliser, ces deux catégories rechignent à rendre transparente leur gestion, prétextant tour à tour le niveau élevé des impôts, les tracasseries des agents du fisc- ou le coût élevé de la formalisation. L'assiette fiscale tend néanmoins à s'élargir et, grâce à l'amélioration du climat général des affaires, le nombre de contribuables a augmenté, mais les rigidités administratives pénalisent les nouveaux investisseurs et la formalisation des activités informelles. L'étude Paying Taxes 2010, réalisée par le cabinet PricewaterhouseCoopers en coopération avec la Banque mondiale, classe l'Algérie au 168e rang sur 183 pays ; elle estime que la faible pression fiscale dans le pays ne génère pas forcément plus d'activité économique lorsque le système fiscal global est désorganisé. Pourtant, des efforts tels que l'institution d'un impôt forfaitaire unique, la bonification de taux d'intérêt, les exonérations ou la prise en charge par l'État d'une partie des charges patronales ont permis de créer plus de PME et de faire « sortir du bois » nombre d'entreprises informelles. L'obligation faite aux opérateurs du commerce extérieur de disposer d'un NIF a permis aux autorités d'entamer l'assainissement du secteur et d'éliminer plus d'un tiers d'importateurs fictifs ou informels. En raison du volume des importations, le secteur extérieur est soumis à de fréquentes tentatives de corruption, de fraude fiscale et de fuite de capitaux, portant notamment sur les quantités importées et les prix de transfert. À cet effet, les autorités ont décidé d'imposer dès 2010 le recours quasi systématique au crédit documentaire comme seul mode de paiement des importations, et de faire appel à des sociétés internationales spécialisées dans l'inspection avant expédition des marchandises afin de mieux tracer les transactions, faire respecter la qualité et les quantités des marchandises déclarées, attester de la bonne origine des produits, mettre fin aux fausses déclarations sur la valeur en douane et lutter contre la contrefaçon. Les industries minières et extractives sont assujetties au régime général de l'impôt sur les bénéfices. Seule l'industrie pétrolière est soumise à un régime d'imposition particulier, à la seule initiative des autorités du pays.
