La JS Kabylie occupe la neuvième place au classement du meilleur club d'Afrique du 21e siècle, établi par la Fédération internationale de l'histoire et des statistiques du football (IFFHS), et dominé par la formation égyptienne d'Al Ahly devant les deux clubs tunisiens: Espérance Sportive de Tunis et Etoile Sportive du Sahel. Avec 907.5 points, la JS Kabylie est la formation algérienne la mieux classée suivie de l'USM Alger qui pointe à la 20e position avec 736.5 points, tandis que le leader actuel du championnat d'Algérie de Ligue 1 professionnelle, l'ES Sétif, est à la 23e place au niveau africain (670 points). Au total, neuf clubs algériens figurent dans le top 100 africain: JS Kabylie, USM Alger, ES Sétif, CR Belouizdad, ASO Chlef, MC Alger, MC Oran, WA Tlemcen et la JSM Béjaia. Six autres équipes algériennes sont classées parmi les 300 meilleurs clubs d'Afrique du 21 siècle: CA Bordj Bou Arreridj (105), USM Blida (107), USM Annaba (119), NA Hussein-dey (124), CA Batna (215) et l'USM El Harrach (269). Al-Ahly d'Egypte mène toujours le classement du meilleur club d'Afrique du 21ème siècle devant les deux clubs tunisiens, Espérance Sportive de Tunis et Etoile Sportive du Sahel. Par rapport à 2011 figurent dans le "Top 10" maintenant le Al-Hilal Omdurman et le rival local Al-Merreikh du Soudan. Huit clubs sont parvenus au "Top 100" par rapport à 2011: le Sunshine Stars FC Akure (102e-75e), le Monomotapa United FC Harare (109e -92e), l'Unisport de Bafang (120e -93e), le CA Bizertin Bizerte (101ème - 94ème), le Wikkhi Tourits FC Bauchi (107e -97e), le CO Bamako (119e - 98e), le Sports Séwé de San Pedro (123e -99e) et le Platinum Stars FC Rustenburg (108e - 100e). Les clubs du "Top 100" qui ont grimpé d'au moins dix places au cours des 12 derniers mois: le Djoliba AC de Bamako (46e - 33e), le Grupo Desportivo Interclube de Luanda (64e - 52e), l'ASO Chlef (66e - 56e) et le JSM Béjaïa (100e - 88e). En revanche, comme en Egypte et en Libye, il n'y a pas eu de compétition nationale de clubs en 2012, leurs clubs ont perdu de nombreuses places dans le classement, à l'exception des trois clubs égyptiens Al-Ahly du Caire, Zamalek SC Caire et Al-Masri de Port-Saïd, qui ont bénéficié de l'avance qu'ils avaient sur les clubs suivants et ont aussi recueilli des points dans les compétitions interclubs de la CAF.
