Le GIA est né dans des conditions confuses à la suite de la scission d'éléments du MIA de Chebouti au lendemain de la grève insurrectionnelle décrétée par le FIS et des événements qui s'en sont suivis. Ces derniers, élargis dans le cadre de l'amnistie promulguée par le Président Chadli Bendjedid qui avait permis aux anciens compagnons de Mustapha Bouyali de sortir de prison, avaient gardé le contact pour saisir la première occasion politique et revenir sur la scène. Mansouri Meliani, l'un des fondateurs du GIA, dans sa déposition, le 20 mai 1993, devant le tribunal d'Alger, dans le cadre du procès de Hocine Abderrahim et consorts accusés d'avoir préparé et perpétré un attentat à l'explosif contre l'aéroport d'Alger, avait déclaré que la «jamaâ islamia mousalaha» est née pour casser la logique déviationniste du MIA qui voulait se lancer dans l'action armée avant que les conditions, tant religieuses que politiques, ne soient réunies. Au départ de cette entreprise criminelle, il y avait Leulmi (abattu par les forces de sécurité), Sid Ahmed Lahrani (éliminé au cours d'une opération à El-Biar), Ahcène Kaouane (le frère du chanteur chaâbi), un certain Abou Seïf, Mourad Si Ahmed (alias Djaâfar El-Afghani) et Meliani. Leulmi se verra confier la direction de la région Ouest, Lahrani, impliqué dans l'affaire de l'attaque contre le chantier naval de l'Amirauté d'Alger, a été coopté émir de la région Centre, Abou Seïf chargé d'organiser les groupes de l'Est alors que Kaouane, Meliani et Mourad Si Ahmed se verront chargés d'entreprendre un travail de rapprochement avec les éléments du MIA commandés alors par Chebouti. Après l'élimination de Leulmi, Lahrani et Kaouane et l'arrestation de Mansouri Meliani, le GIA se retrouve alors sous la coupe de Mourad Si Ahmed qui n'assumera son commandement que durant 22 jours puisqu'il sera éliminé lui aussi par les services de sécurité. C'est Chérif Gousmi qui prendra la relève. Ce fut un tournant puisque «son règne» sera l'occasion pour les anciens afghans de faire main basse sur l'organisation terroriste. Moh Léveilley et certains caïds du milieu feront également leur entrée. Après son élimination à Bouzaréah en 1994, la porte est grande ouverte à Sayah Attia, un fils de harki établi avec son groupe à Médéa, qui divisera l'organisation terroriste en 6 zones. Abdelhak Layada assurera, durant un certain temps, la direction du GIA avant de s'enfuir vers le Maroc où il sera arrêté avant d'être livré aux autorités algériennes. Djamel Zitouni inaugurera son règne par l'enlèvement des diplomates français et l'attaque contre le CEG Max-Marchand de Aïn Naâdja, dans laquelle 6 gendarmes français avaient trouvé la mort. Il sera derrière plusieurs attaques spectaculaires comme le détournement de l'Airbus d'Air France à l'aéroport d'Alger ou encore l'enlèvement des 7 moines trappistes à Tibehirine. Quelques mois après, il sera éliminé par ses pairs qui ne lui pardonneront jamais le fait d'avoir ordonné l'élimination de Mohamed Saïd et Redjem et de s'appuyer sur les fetwas d'un certain Abou Qotada el-Falistini, un guide des Khaouaridj selon la terminologie des groupes islamistes. Antar Zouabri prendra alors la direction du GIA et se lancera dans un véritable génocide contre le peuple algérien. Il lancera ses fetwas qui ouvriront la voie aux sanguinaires de cette organisation terroriste pour commettre les massacres à grande échelle comme à Bentalha, Raïs ou encore Hed Chekala et Remka. Par ses fetwas, il avait apostasié tout le peuple algérien coupable, à ses yeux, de n'avoir pas cédé à la terreur. Plusieurs témoignages avaient, à l'époque, souligné que toutes les tentatives d'unification entre le GIA et le MIA avaient échoué . Meliani avait, dans sa déposition devant le tribunal de la cour spéciale d'Alger, évoqué deux réunions tenues avec les acolytes de Chebouti à Zbarbar et Tamesguida pour tenter de parvenir à unifier leurs rangs, mais sans résultat puisque la bataille de leadership entre les chefs des différents groupes faisait rage à l'époque. Omar Chikhi, membre du bureau exécutif et ancien responsable du fis dissous, repenti, avait évoqué, lui aussi ces réunions qui n'avaient servi qu'à creuser davantage le fossé qui séparait les groupes de différentes obédiences.
