En 1898, Cheikh Abdelkader El Medjaoui est contraint de quitter Constantine, sa ville d'adoption. Au prétexte de le promouvoir, il est transféré à Alger où il est installé en qualité de professeur de théologie et d'exégèse coranique à la division supérieure de la medersa d'Alger. A la medersa de Constantine, il est remplacé par un jeune diplômé de 29 ans, celui qui deviendra le célèbre Mohamed Bencheneb. Cheikh Abdelkader El Medjaoui est également installé en qualité d'imam à la mosquée Sidi Ramdhane, au cœur de La Casbah d'Alger. En 1904, la nouvelle medersa d'Alger est inaugurée. Cette même année, il fait partie du groupe des oulémas qui accueille la délégation marocaine présidée par El Jebbas, venue négocier avec le gouvernement français le tracé des frontières. Durant cette période «algéroise», Cheikh Abdelkader El Medjaoui poursuit ses activités en direction du grand public. Il publie de nombreux ouvrages dont certains deviendront des références, notamment «El mirsad fi massaa il el iktissad», coécrit avec Omar Brihmet. Par ailleurs, plusieurs dizaines d'articles de presse porteront sa signature et ont pour thèmes principaux l'islam, la culture arabo-musulmane ou encore les fléaux sociaux qui rongent la communauté algérienne musulmane comme le chômage, les dangers du tabagisme et les conduites addictives, le jeu... Sa lutte contre ces nouvelles pratiques nocives et déstructurantes pour la société sera menée jusqu'à ses derniers jours. Par ailleurs, son implication dans le mouvement associatif n'est pas sans laisser d'empreintes. Il tient, en particulier, une série de conférences dans le cadre des activités de l'association Errachidia Distinctions Pour la qualité de ses travaux et son dévouement au savoir, Cheikh Abdelkader El Medjaoui reçoit le Wissem Eddhehebi lil'maâarif qui est décerné aux serviteurs du noble savoir. Il est également distingué de Wissem el Iftikhar ettounissi. En 1906, Cheikh Abdelkader El Medjaoui est distingué chevalier de la légion d'honneur, distinction qui lui est accordée par le ministre de l'Instruction et des Beaux arts d'alors pour la qualité de son enseignement et son comportement irréprochable en qualité de fonctionnaire. Cheikh Abdelkader El Medjaoui veille à ce que son attestation contienne dans la rubrique «Nationalité» la mention «Algérien indigène» et non pas celle de «Français». Les circonstances de sa mort à Constantine En ce début d'automne 1914, alors qu'il est en pleine santé, Abdelkader El Medjaoui décide de se rendre à Constantine pour des raisons familiales. Il retrouve, à cette occasion, certains de ses brillants disciples. Et un soir, après avoir passé plusieurs heures avec son ami et disciple le muphti de Constantine Mouloud Ben El Mouhoub et après avoir fait la prière d'el IIcha à la mosquée Sidi Abd El Moumen, il reprend le débat qui avait été entamé. Tard dans la nuit, il quitte l'assistance pour rentrer chez lui, et c'est à son arrivée à son domicile qu'il s'écroule, comme terrassé par ce qui semble être une crise cardiaque, laissant derrière lui une veuve, un fils, qui deviendra kadhi, et trois filles. Il laisse également de nombreux ouvrages et une multitude d'articles de presse qui serviront de fil conducteur à ses successeurs. Mais plus que cela encore, il laisse des convictions qui lui survivront et qui permettront à tout un peuple de continuer d'exister. Le lendemain de sa mort, un vibrant hommage lui est rendu par cette grande Cité et plusieurs milliers de personnes affluent de toutes parts pour assister à son inhumation. L'oraison est particulièrement émouvante et souligne le génie et le dévouement d'un homme hors du commun qui a mis sa vie au service de l'islam, de la patrie, du savoir et des autres. Une multitude de poèmes sont déclamés par certains de ses plus fidèles disciples. Cheikh Abdelhamid Benbadis dira, dans sa qassida : «Toi dont la lumière a déchiré les ténèbres de l'ignorance qui régnait et a permis à nos yeux de (re)découvrir le crayon (qalam), Toi qui a tant peiné pour notre islah, Toi dont les rêves et les espérances se sont dressés pour permettre aux autres d'atteindre les chemins du savoir…». Nombreux sont ceux de ses disciples qui trouvent là une dernière occasion d'exprimer leurs sentiments et leur gratitude à l'égard de celui qui aura été l'un des principaux phares de l'intelligentsia algérienne alors que l'Algérie traversait l'un des tragédies les plus terribles de son histoire.
