La France avait aménagé à Reggane et à In Ikker des installations scientifiques et expérimentales pour perfectionner sa bombe atomique. Entre le 13 février 1960 et le 25 avril 1961, elle a réalisé quatre essais nucléaires dans l'atmosphère au-dessus du polygone de tir d'Hammoudia avec des noms de code adaptés au désert : Gerboise bleue, Gerboise blanche, Gerboise rouge et Gerboise verte. Entre le 7 novembre 1961 et le 16 février 1966, elle a effectué treize essais souterrains dans la montagne granitique du Taourirt Tan Afella située au pied du massif du Hoggar. Ce site a été choisi sans tenir compte des règles élémentaires de santé publique, selon un chercheur français. Dans les années 1980, le défunt Azzedine Meddour, cinéaste algérien, avait fait ressortir, le premier, dans un documentaire diffusé par la télévision algérienne, consacré à l'occupation coloniale, la dimension de ces expériences et les risques qui l'accompagnent. A l'aide d'images d'archives, appuyées par un commentaire admirablement interprété par le regretté Abdelkader Alloula, Azzedine Meddour avait été le premier à révéler à l'opinion publique algérienne l'utilisation de prisonniers de guerre comme cobayes au cours de ces essais. Plus de vingt ans après cette révélation et cinquante ans après les faits, un dossier militaire français confidentiel reconnaît que l'armée française aurait utilisé des soldats français comme cobayes en les exposant délibérément aux radiations lors d'essais nucléaires, baptisés « Gerboise rouge et verte » réalisés à Reggane, au Sahara. Selon la presse française qui a repris ce document, l'objectif visé était d'étudier grâce à ces cobayes «les effets physiologiques et psychologiques produits sur l'homme par l'arme atomique ». A propos des retombées de ces essais nucléaires français au Sahara (en février et avril 1960, janvier et mai 1961 et même en mars 1963) effectués à In Ikker et Reggane, un responsable au Comena avait déclaré, en août 2005, qu'une équipe d'experts nationaux et internationaux a travaillé sur cette question et a remis un rapport à l'AIEA (Agence internationale pour l'énergie atomique), affirmant qu'il n'y a pas de danger de radioactivité. Les zones concernées seraient protégées. Des articles de la presse algérienne consacrés à ces essais soutiennent le contraire et insistent sur les séquelles laissées par les explosions dans la population environnante du fait de conditions de protection insuffisantes et sur l'environnement. On parle d'un nombre de cancers anormalement élevé, de cas de malformations, d'un impact dévastateur sur les cultures, sur le cheptel, sur la faune et la flore d'une manière générale et d'atteintes aux ressources en eau. Un véritable climat de psychose règne dans les zones où ont eu lieu les expériences. Toutefois, cela reste, semble-t-il, au niveau des impressions, aucune étude approfondie concernant l'impact de ces essais sur la population et l'environnement n'ayant été faite.
