اعترف الأمين العام للاتحاد الإفريقي لكرة القدم "كاف" هشام العمراني، بأن التحكيم لم يكن في المستوى خلال الدورة 29 للكان، مشيرا إلى أن المصداقية تحتم على الكاف الاعتراف بوجود نقائص في إدارة الحكام لبعض المباريات:" كانت هناك بعض القرارات التحكيمية محل اعتراض". وأشار العمراني إلى أن المديرية التقنية للكاف قد اتخذت مسؤولياتها، بعد أن قدرت بأن هناك نقائص في هذا مجال حيث قامت بإبعاد بعض الحكام. كما أقصت ذات المديرية حكمين خلال هذه الدورة، و يتعلق الأمر بالمصري غيث جريشة، بعد الخطأ الذي ارتكبه في المباراة التي جمعت نيجيريا بالمنتخب الزامبي في الدور الأولى، والتونسي سليم جديدي بسبب خطأ ارتكبه كذلك خلال مباراة الدور نصف النهائي بين بوركينافاسو وغانا، بإشهاره بطاقة صفراء ثانية طرد على إثرها المهاجم البوركينابي جوناتان بيترويبا. في المقابل لم يستسغ الأمين العام للكاف موقف وتصرفات بعض مؤطري ومسؤولي بعض المنتخبات الذين شتموا الكاف، عند تنديدهم بما اسموه بانحياز الكاف. وفي هذا الصدد أوضح ذات المسؤول بأن الكونفيدرالية اشتغلت كثيرا على ملف التحكيم، خاصة من ناحية التكوين، وأنها ستواصل على هذا النهج. وحسب عديد التقنيين والمدربين فإن التحكيم كان النقطة السوداء في دورة 2013، بعد أن وجهت للحكام انتقادات من مدربي المنتخبات المشاركة، على غرار المدرب الوطني وحيد حاليلوزيتش الذي انتقد أداء الحكم الغامبي قاساما في المباراة الأولى أمام تونس، و الملغاشي حمادة في المباراة الثانية أمام الطوغو، فيما وصف مدرب الطوغو ديدي سيكس قرارات الحكام بالسخافات.