لم تتميز فترة حكم الإمام علي بن أبي طالب رضي الله عنه وأرضاه بالإستقرار السياسي. ذلك أن خلافا نشأ بينه وبين عدد من كبار الصحابة ووالي الشام معاوية بن أبي سفيان حول القصاص من قتلة الخليفة الثالث عثمان رضي الله عنه وأرضاه. رأي علي أن يتم ذلك بعد استتباب الأوضاع في المدينة وتطويق ذيول الفوضى الأمنية التي استشهد في خضمها عثمان. ورأت السيدة عائشة أم المؤمنين، وطلحة والزبير، ثم معاوية بن أبي سفيان أن عثمان قتل مظلوما وأن القصاص من قتلته أمر ضروري وسابق لغيره من الأمور، بما في ذلك الإقرار ببيعة الخليفة الجديد. وسرعان ما تطور الخلاف إلى صراع وقتال، ووقعت حروب ومعارك أشهرها حرب الجمل وحرب النهروان وحرب صفين. وأثناء هذه الصراعات أيضا انتقل علي من المدينة إلى الكوفة واتخذها عاصمة له، وكان ذلك عام 36 للهجرة. كان علي في فترة حكمه عادلا زاهدا مؤمنا بالشورى، متقشفا في حياته الشخصية، حريصا على المال العام. وقد أجمع علماء المسلمين وأئمتهم أنه كان جديرا بالخلافة وأهلا لها، وأنه كان كان على الحق في كل المعارك الداخلية التي خاضها. وصفه الحسن البصري فقال: كان علي والله سهما صائبا من مرامي الله على عدوه، ورباني هذه الأمة، وذا فضلها، وذا سابقتها، وذا قرابتها من رسول الله صلى الله عليه وسلم. لم يكن بالنومة عن أمر الله، ولا بالملومة في دين الله، ولا بالسروقة لمال الله، أعطى القرآن عزائمه ففاز منه برياض مونقة. ذلك علي بن أبي طالب رضي الله عنه". ووصفه ضرار الصدائي في مجلس لمعاوية بن أبي سفيان، بأمر من معاوية، فقال: أما إذ لابد من وصفه، فكان والله بعيد المدى، شديد القوى، يقول فصلا ويحكم عدلا. يتفجر العلم من جوانبه، وتنطق الحكمة من نواحيه، ويستوحش من الدنيا وزهرتها، ويستأنس بالليل ووحشته. وكان غزير العبرة، طويل الفكرة، يعجبه من اللباس ما قصر، ومن الطعام ما خشن. وكان فينا كأحدنا، يجيبنا إذا سألناه وينبئنا إذا استنبأناه. ونحن والله، مع تقريبه إيانا وقربه منا، لا نكاد نكلمه هيبة له. يعظم أهل الدين ويقرب المساكين، ولا يطمع القوي في باطله ولا ييأس الضعيف في عدله. واشهد أنه قد رأيته في بعض مواقفه وقد أرخى الليل سدوله وغارت نجومه، قابضا على لحيته، يتململ تململ السليم، ويبكي بكاء الحزين، ويقول: يا دنيا غري غيري، إلى تعرضت أم إلي تشوفت؟ هيهات هيهات! قد باينتك ثلاثا لا رجع فيها، فعمرك قصير، وخطرك قليل. آه من قلة الزاد وبعد السفر ووحشة الطريق. فبكي معاوية وقال: رحيم الله أبا الحسن. كان والله كذلك. فكيف حزنك عليه يا ضرار؟ قال: حزن من ذبح ولدها وهو في حجرها. كان علي رجلا شجاعا مخلصا ونادرا في تاريخ الإسلام. آمن بالله ورسوله منذ نعومة أظفاره ولم يتردد أو يرتب، فأحبه الله ورسوله صلى الله عليه وسلم. غامر بروحه في أصعب الأوقات نصرة لدين التوحيد والعدل والحرية. أخلص النصح دائما لرسول الله صلى الله عليه وسلم وللأمة من بعد ذلك. وكان عالما وخطيبا مفوها ومن أفضل من تحدث باللغة العربية لفصاحته وبلاغته وروعة أسلوبه. ولقي ربه شهيدا بعد عمر حافل في خدمة الإسلام.
