Alors que différentes facultés traversent des zones de turbulence en raison de l'opacité entourant l'accès au master- comme c'est le cas de l'institut de communication où les étudiants sont engagés dans la protestation ou encore la faculté de médecine où les revendications sont aussi, pour la plupart, d'ordre pédagogique- l'université Badji Mokhtar, à l'instar de toutes les université du pays, risque également d'être paralysée. Les syndicats semblent emboîter le pas à leurs homologues de l'éducation nationale et de la santé publique en brandissant la menace de la grève. Ils sont près de 50 000 étudiants à avoir rejoint, pour cette session 2009/2010, les différents amphithéâtres de l'université Badji Mokhtar qui compte aujourd'hui trois grands sites que sont le campus de Sidi Achour, le nouveau pôle d'El Bouni et Sidi Ammar. L'université, qui a à son actif des réalisations multiples, est propulsée au rang d'institution de grande envergure, au rayonnement régional avéré. A sa création en 1975, l'université, qui avait drainé quelque 2 000 étudiants seulement pour sa première année, s'est dotée, au fil des ans, d'une capacité d'accueil considérable dans le domaine pédagogique comme en matière d'hébergement et de restauration. En dépit de la mise en œuvre d'un programme de développement de l'université, ayant donné naissance à de nombreux centres universitaires dans les wilayas environnantes, Annaba reste très convoitée pour ses filières technologiques. Son infrastructure s'est développée et ne cesse de prendre de l'envergure au fil des années. Les structures pédagogiques et d'hébergement connaîtront un véritable boom, notamment à la faveur de l'achèvement des facultés en cours de réalisation sur le site d'El Bouni. Les projets, pas moins de 1 000 places pédagogiques en cours de construction, laissent supposer que la tension s'étant toujours exercée sur l'infrastructure tendrait à baisser. Cela permettra de desserrer quelque peu l'étau sur le site, lequel abrite actuellement la faculté de médecine, trop exiguë pour pouvoir faire face au flux prévisionnel des étudiants issus des différentes wilayas avoisinantes et même de celles lointaines. Il est également escompté de ce développement tous azimuts, la levée des contraints persistantes, notamment celles liées à l'hébergement et à la restauration. Il en est par exemple ainsi pour le tout nouveau pôle d'El Bouni où une tension s'exerce sur le restaurant qui ne peut contenir le nombre impressionnant d'étudiants. Les structures pédagogiques ne sont pas non plus épargnées par les contraintes d'équipement. Les laboratoires de langues ont été livrés sans matériel pédagogique devant permettre autant à l'enseignant qu'à l'étudiant de travailler dans les conditions requises. Ce déficit sera peut-être comblé à l'aboutissement de la deuxième tranche du projet qui comporte d'autres structures pédagogiques d'hébergement et de restauration. Il convient de rappeler que l'université Badji Mokhtar s'est dotée, à la faveur des réformes, de l'infrastructure pour l'interconnexion des facultés, départements et autres laboratoires de recherches, et d'un cyberespace avec 300 postes interconnectés, utilisés par les étudiants des différents cycles.
