Il convient de tenir compte du fait que des personnes affectées symptomatiques (et peut-être aussi asymptomatiques) pourraient propager les virus par le biais de leurs excréments et de l'épandage ultérieur éventuel aux compartiments environnementaux. Dans de nombreuses études publiées, le SRAS-CoV-2 a été détecté dans des échantillons provenant de plusieurs sites et, surtout, le virus vivant a été détecté dans les matières fécales, ce qui implique la possibilité d'une transmission du SRAS-CoV-2 par voie oro-fécale. Au cours de la première épidémie du SARS apparue en automne 2002, il a été rapporté dans une étude une possible contamination par voie oro-fécale. A Hong Kong, la contamination de 321 personnes au sein d'un même immeuble a été attribuée à un patient souffrant de diarrhée qui a, en raison d'un système d'évacuation défectueux de l'immeuble, associé à la mise en route de la ventilation mécanique des salles de bains, permis la pénétration de gouttelettes contaminées sur les surfaces des appartements. Il est devenu clair que les eaux usées humaines pourraient contenir le nouveau coronavirus. Les eaux usées humaines échantillonnées dans différentes études ont été testées positives pour la présence d'ARN viral. La question de savoir si le SRAS-CoV-2 est viable dans des conditions environnementales qui pourraient faciliter la transmission oro-fécale n'est pas encore claire. Cependant, il existe des preuves d'une propagation potentielle dans la communauté, le virus se propageant facilement et durablement dans la communauté dans certaines zones géographiques touchées telles que la Chine. Un cas a également été signalé aux Etats-Unis dans lequel l'individu n'avait été exposé à personne connu être infecté par le SRAS-CoV-2 et ne pas avoir voyagé dans des pays où le virus circule. La transmission entérique potentielle a également des implications pour ceux qui travaillent avec les déchets humains et les eaux usées, pour lesquels des directives de l'OMS ont été élaborées spécifiquement concernant la Covid-19. La transmission entérique du SRAS-CoV-2 est possible et l'exposition au SARS-CoV-2 dans les eaux usées pourrait poser un risque pour la santé. La possibilité de transmission oro-fécale de Covid-19 a des implications, en particulier dans les zones où l'assainissement est médiocre où la capacité de diagnostic peut être limitée. Lorsqu'ils se propagent dans l'environnement, certaines étapes potentielles à considérer pour ces virus sont le transfert d'un compartiment à un autre, contamination d'autres êtres vivants, prolifération, mutation éventuelle, transmission… Actuellement, on pense que ces coronavirus ne pouvaient survivre que quelques jours dans l'environnement, hors des cellules vivantes, mais cela pourrait être suffisant pour atteindre d'autres organismes vivants, pour muter et changer des caractéristiques, etc. Ainsi, dans une étude chinoise récemment publiée, des séquences de coronavirus de type SARS ont été identifiées chez des carpes. La température est un facteur essentiel dans la transmission du virus. Des températures basses contribuent à la transmission du virus, ainsi, l'arrivée de l'été et pourrait réduire la transmission du Covid-19.
Par Abdelaziz Touati Professeur spécialiste en écologie microbienne. Université de Béjaïa
