Les savants musulmans vont révolutionner l'aromathérapie, en développant l'alchimie, ancêtre de la chimie moderne. L'alchimiste musulman est un savant qui a une bonne connaissance des substances minérales et de leurs usages, c'est aussi un philosophe qui vise à réaliser l'harmonie du monde, à chercher derrière la transmutation des métaux, la purification de l'âme, la recherche de l'absolu. Cette conception conduira le mystique Ibn ‘Arabî à définir l'alchimie comme une science naturelle (‘ilm tabi ‘î), spirituelle (rûh'ânî) et divine (ilâhî) (dans Futûh'ât, II) Djabir Ben Hayyân – le Geber des Latins – a inventé, entre autres l'alambic, qui va faciliter l'opération de distillation. L'œuvre de Djabir comprend surtout des traités courts, formés parfois d'un seul chapitre. Les ouvrages les plus importants sont les Cent douze Livres, les Soixante-dix Livres et le Livre de la Balance qui expose les principes de sa doctrine. Le principe de la science est celui de la balance – ou mizân. Le mot, qui apparaît dans la plupart de ses écrits, a plusieurs significations en arabe. Il a d'abord le sens de poids spécifique qui permet d'atteindre la juste proportion des éléments. Il a ensuite le sens de mesure dans un mélange de substances. Il renvoie enfin à une équivalence entre les lettres de l'alphabet et les quatre qualités élémentaires : chaud, froid, humide et sec. Cette dernière conception, appelée mizân al-h'rurûf, (la balance des lettres), a inspiré un courant philosophique spéculatif s'inspirant à la fois du pythagorisme et des doctrines mystiques musulmanes.
