Si la parapsychologie est parvenue, au bout d'un siècle de recherches et d'expériences, à prouver scientifiquement l'existence des phénomènes paranormaux, elle n'est pas encore parvenue à proposer une explication sur les origines de ces phénomènes. Autrement dit, elle ne dispose pas encore de cadre épistémologique, de théorie qui discutent de cette science. Quelques modèles, comme le modèle de «l'information pragmatique» ont été avancés, mais ils sont encore à l'état embryonnaire. Tout ce dont on dispose, aujourd'hui, c'est d'explications partielles, plutôt déduites des expériences. Ainsi, on pense que les sujets proches affectivement ont des dispositions extrasensorielles plus fortes que d'autres sujets et que, par conséquent, ils obtiennent de meilleurs résultats. On a parfois sollicité l'avis d'hommes de sciences sur la parapsychologie, les phénomènes qu'elle étudie et ses résultats. Si certains les contestent, arguant le fait que l'existence d'«organes» émetteurs ou récepteurs des phénomènes n'a pas été prouvée, d'autres, sans adhérer à la parapsychologie, pensent que les phénomènes étudiés sont bien réels et que les résultats des recherches n'invalident pas les modèles de la physique moderne. C'est notamment la position de Brian Josephson, prix Nobel de physique. Concernant l'existence d'un «organe» de perception des phénomènes, les parapsychologues répondent que les phénomènes psi ne se manifestent pas de la même façon que les phénomènes normaux. Autre problème rencontré par la parapsychologie : la reproductibilité des phénomènes. Alors que dans les autres disciplines, ont refait sans difficulté et à l'infini les expériences, celles des parapsychologues ne peuvent être refaites, les sujets étant très variables.
