Les personnes soupçonnées de terrorisme par les Etats-Unis, dans le cadre de la lutte contre ce fléau, au lendemain des attentats du 11 septembre, étaient retenues de force et soumises aux tortures dans les “prisons confidentielles” américaines et surtout privées de tous leurs droits. La haut-commissaire de l'ONU des droits de l'homme, Navanethem Pillay, aurait confié aux rapporteurs spéciaux sur la protection des droits de l'homme dans les conditions de la lutte avec le terrorisme, Martin Scheinin, et sur les tortures et d'autres formes inhumaines, Manfred Nowak, que l'enquête portant sur la guerre globale contre le terrorisme a révélé l'existence de "prisons confidentielles" aux Etats-Unis et à travers le monde, utilisées par les services secrets occidentaux. Elles servaient de lieux de détention de prisonniers soupçonnés de terrorisme sans présentation d'accusation. Les détenus étaient retenus de force et soumis aux tortures. Selon la même source, le recours par les Américains à ce procédé, que ce soit sur leur territoire ou dans d'autres pays pour l'arrestation et l'utilisation de ces méthodes d'interrogatoire, ainsi que les nombreuses disparitions après des séjours en prison, est tout ce qu'il y a d'illégal. En outre, selon des données de l'union américaine des libertés civiles, American Civil Liberties Union (ACLU), durant les quatre dernières années, le nombre de détenus dans la prison de Bagram (Afghanistan) s'est multiplié par six et a dépassé les 650 personnes. Ce chiffre dépasse presque de trois fois le nombre actuel des détenus au camp de Guantanamo. En majorité, il s'agit des talibans capturés par les militaires américains sur le territoire afghan. Il y aurait également jusqu'à cinquante autres prisonniers soupçonnés de terrorisme originaires d'autres pays, dont, par exemple, deux Pakistanais arrêtés par les troupes d'occupation britanniques dans le sud de l'Irak. Par ailleurs, des défenseurs des droits de l'homme indiquent qu'à la différence des prisonniers à Guantanamo où les conventions de Genève sur les détenus de guerre sont plus ou moins respectées, ceux de Bagram n'ont pas du tout l'accès à l'aide juridique. En effet, alors que certains prisonniers de Guantanamo ont réussi à saisir des instances juridiques américaines, les détenus de Bagram sont dans un vide juridique total, car il n'existe aucune cour de justice à laquelle ils pourraient recourir. Ils sont donc des prisonniers perpétuels, qui n'ont pas la possibilité de contester leur arrestation, d'où l'inquiétude des organisations de défense des droits de l'homme non gouvernementales qui ont tiré la sonnette d'alarme, car estimant qu'avec la décision de Barack Obama de considérer la guerre en Afghanistan comme une guerre contre le terrorisme, avec l'intensification des forces de groupement militaire, y compris dans la prison de Bagram, quelque chose pourrait probablement changer pour le mieux pour ces prisonniers. Tout ceci ne fait que confirmer les graves violations par les services du renseignement et des forces armées américaines des conventions internationales sur les prisonniers de guerre.
