La Skoda Rapid a obtenu un très bon score à l'évaluation indépendante sur les performances de sécurité et dispose officiellement de la meilleure note possible, 5 étoiles au crash test Euro NCAP. Les premières récompenses décernées à la Rapid mettent en avant la bonne conception de l'auto comme lorsque plus de 110 000 lecteurs du journal allemand Auto Zeitung élisent la dernière Skoda “meilleure voiture abordable". La Skoda Rapid a également reçu le très convoité Auto Trophy 2012, ainsi que la troisième place dans la catégorie berline (derrière la BMW Série 3 et la Lexus GS) du Volant d'or attribué par l'hebdomadaire de référence outre-Rhin Auto Bild. Pour le crash test Euro NCAP, la Rapid a été jugée dans quatre domaines, à savoir la protection des occupants adultes, avec un résultat de 94%, la protection des occupants enfants, avec un résultat de 80%, la protection des piétons, avec un résultat de 69%, dont 100% au test du pare-chocs et l'aide à la sécurité, avec un résultat de 71%. Les 5 étoiles de la Rapid récompensent également ses systèmes d'aide à la conduite, avec une mention spéciale décernée au correcteur électronique de trajectoire ESP (obligatoire dans les pays de l'Union européenne) et aux systèmes de rappel de bouclage de ceinture conducteur et passager avant.
