L'Arepanrix est absolument contre-indiqué à toute personne présentant une allergie aux œufs. La raison en est que l'antigène présent dans le vaccin est cultivé dans des coquilles d'œuf. De ce fait, la solution contient de l'albumine, protéine à laquelle nombre de personnes développent de plus ou moins graves réactions allergiques. C'est pour cela qu'avant la vaccination, un formulaire doit impérativement être rempli par le patient, où il doit mentionner ses antécédents médicaux. Le médecin, en visant la fiche, ne pratiquera pas l'injection aux allergiques aux œufs et aux produits à base d'œuf. Mais pas seulement. Sont aussi concernés par cette interdiction les individus ayant présenté des réactions allergiques à l'huile de poisson, à cause du squalène, à un vaccin précédent ou au thiomersal.