Après la chute de Grenade, en 1492, les rois espagnols s'attaquent aux villes nord-africaines. Rapidement débordées, celles-ci font appel à des aventuriers, des corsaires turcs convertis à l'islam, qui les placent sous la protection de l'Empire ottoman. Les frères Barberousse fondent ainsi la Régence d'Alger, qui étend, à partir de 1587, son empire sur tout le pays. Grâce à la guerre menée par les corsaires, la Régence connaît deux siècles de relative opulence, dont Alger garde aujourd'hui encore la trace architecturale. Cherchell faisait partie de la Régence d'Alger. En 1516, Aroudj, appelé par le cheikh Salim Ettoumi, fut sollicité par les habitants d'Alger afin de les libérer des Espagnols. Aroudj occupa d'abord Cherchell avant de se rendre maître d'Alger en faisant étrangler le cheikh Salim dans son bain. Il fit ainsi de la ville une redoutable base de corsaires qui allait résister pendant plus de trois siècles. A l'inverse de villes comme Béjaïa ou Constantine, la ville de Cherchell n'est pas un grand centre de rayonnement de la civilisation musulmane. N'empêche qu'elle renferme quelques monuments de grande valeur se rapportant à cette civilisation. Son principal monument est la Mosquée aux cent colonnes, située au centre de Cherchell et qui aurait été bâtie par les Andalous sur l'emplacement d'un temple romain, en 1574. La centaine de colonnes qui la supportent, et dont elle tient son nom, provenaient certainement des thermes de l'Ouest. A l'époque coloniale, les Français firent de la mosquée un hôpital civil et militaire. Elle retrouva sa vocation à l'indépendance. Cherchell comme toutes les villes du pays connut le même sort. Les Vandales ne se privèrent pas de piller Cherchell. Les débris de la civilisation romaine semblaient à la veille de disparaître. Ils furent sauvés pour un siècle encore par l'intervention des Byzantins en 533. Ces derniers détruisirent le royaume vandale. Puis vinrent les Arabes. C'est en 647, quinze ans après la mort du prophète Mohammad que les Arabes pénétrèrent en Afrique du Nord. Par la suite, au fil des années, les Berbères furent islamisés : ce fut surtout le cas des habitants des villes, de Cherchell en particulier. En 1492, la ville reçut un apport de musulmans réfugiés d'Espagne à la suite de la chute de Grenade et de la Reconquista espagnole. Puis au cours de la période qui suivit, ce fut l'arrivée des Turcs qui s'installèrent en Algérie et qui occupèrent cette région. Cherchell abrite aujourd'hui encore plusieurs mausolées de saints, tels que Sidi Braham El Ghobrini, Sidi Abderrahmane, Sidi Abdelaziz, Sidi Younès, Sidi Yahia, Sidi Boulahrouz, Sidi Chérif, Sidi Ali El Ferki, et d'autres sites et monuments relatifs à la civilisation musulmane qui s'ajoutent aux autres sites archéologiques d'anciennes civilisations et aux deux musées. Aïn Ksiba, la Casbah de Cherchell C'est sans aucun doute l'une des plus importantes anciennes villes arabes. Bâtie entre le XVIe et le XVIIIe siècle, Aïn Ksiba représente le cliché type de la civilisation arabe qui a marqué la région durant la période des Ottomans. Par son style architectural, entre la fusion des maisons, l'étroitesse des ruelles, les raccourcis et les accès, il n'y a presque pas de différence entre elle et la Casbah d'Alger ou celle de Constantine. Aujourd'hui, si la Casbah d'Alger a pu plus ou moins résister au temps, celle de Cherchell est presque inexistante. Des maisons de deux à trois étages, conçues de la manière la plus anarchique qui soit, ont pris place au milieu de ce site historique.
