En ce qui concerne les effluents (eaux polluées), le traitement par boues activées est le procédé biologique le plus communément utilisé en Algérie (75 STEPs avec un débit moyen des eaux épurées de 339 531 m3/j). Les rejets industriels sont multiples, complexes et variables dans le temps et dans l'espace. Par exemple, l'industrie électrochimique et celle des métaux noble génèrent des métaux lourds et d'autres effluents acides ; l'industrie agroalimentaire et textile génère des déchets organiques (détergents, colorants, édulcorants, sucres, fibres) et l'industrie pharmaceutique produit des déchets spéciaux et dangereux (antibiotiques, bêtabloquant, hormones) ; quant à l'industrie pétrolière, elle rejette divers effluents solides, liquides et gazeux à la fois auxquels s'ajoute des micropolluants (sous forme initiale ou métabolisée). Ces rejets posent la double problématique de la quantification de leur toxicité et des voies possibles de leur élimination. En Algérie, cette préoccupation ne fait l'objet d'aucune législation. Les stations d'épurations retiennent efficacement les nutriments tels le phosphate, l'azote et les composés du carbone facilement dégradables. Elles laissent cependant passer nombre de substances organiques synthétiques présentes dans les eaux usées. Ces substances, incomplètement ou non dégradées, gagnent ensuite divers matrices aquatiques. La présence des molécules citées précédemment dans les effluents industriels et domestiques ainsi que dans les milieux récepteurs est préoccupante, en raison de leur toxicité directe ou indirecte. Dans ce domaine l'ensemble des pouvoir publics et les associations travaillant dans ce domaine sont appelés à démontrer leurs volonté d'étudier la possibilité de réinstaurer temporairement un régime de subventions visant à inciter la mise en place de traitements supplémentaires et efficaces. D'abord à l'échelle des sources de la pollutions et dans les stations d'épuration, ensuite en termes de règlementation nécessaire et efficace tout en mettant en ouvres les moyens de contrôle. Il faudra également penser à étendre le réseau de surveillance analytique des micropolluants. Encourager les unités industrielles à traiter et à développer des techniques spécifiques pour le traitement de leurs déchets est indispensable pour la valorisation des méthodes écologique.
