اتهمت منظمة العفو الدولية الجيش السوداني بتبنيه سياسة الأرض المحروقة بمنطقة النيل الأزرق، حيث أقدمت قواته على حرق وقتل مدنيين أبرياء منتهجة أساليب التدمير الشاملة في حربها ضد المتمردين بولاية النيل الأزرق. قالت المنظمة الدولية المدافعة عن حقوق الإنسان في تقرير لها ضم 74 صفحة أن بيدها أدلة على التجاوزات التي ارتكبها الجيش السوداني بالمنطقة، بما فيها صور التقطت بواسطة الأقمار الصناعية أكدت حدوث هجمات استهدفت في النصف الأول من العام 2012 منطقة جبال النوبه بولاية النيل الأزرق مسقط الزعيم المتمرد مالك عقار، وأوضحت المنظمة أن هذه الهجمات اندرجت في إطار محاولات مدبرة من قبل محاولة مدبرة لتهجير المدنيين من مناطق تسيطر عليها قوات عقار ومعاقبة السكان المؤيدين للتمرد ممن كانوا يساندون الزعيم المتمرد مالك عقار، وذكرت منظمة العفو أن منطقة جبال النوبة جنوب غرب الدمازين كبرى مدن النيل الأزرق، تعرضت لمسح شامل من قبل القوات السودانية بشكل خاص، كما أكدت المنظمة أن الجيش لجأ الى إستراتيجية الأرض المحروقة مدمرة ما لا يقل عن ثماني قرى في منطقة جبال النوبة، وأضافت أن القوات السودانية التي تستعمل القوة بلا هوادة قصفت قرى قبل السيطرة عليها وأحرقتها بالكامل، ما تسبب في قتل من بقي عليها من المدنين الذين عجزوا عن الفرار من هجمات الجيش لسبب أو لآخر، ما أدى الى حرقهم أحياءا في منازلهم أو برصاص الجنود، مشيرة الى أن أعضاء في المنظمة زاروا المناطق التي يسيطر عليها المتمردين وتحدثوا الى لاجئين متضررين من الحرب التي خاضها الجيش ضدهم. من جهته صنف الباحث في منظمة العفو جان باتيست غالوبان أن الهجمات المتعمدة ضد المدنيين في قائمة جرائم الحرب، فيما نفى الجيش السوداني ان يكون شن مثل هذه الهجمات منددا بهذه الاتهامات، حيث قال المتحدث باسم الجيش السوداني الصوارمي خالد سعد لوكالة ”فرانس برس” أن اتهامات منظمة العفو الدولية لا أساس لها من الصحة، مستشهدا بوجود الكثير من المنظمات الدولية التي تعمل في منطقة النيل الأزرق لكن أي منها لم ترفع شكاوى بهذا الشأن، كما أكد أن المتمردين لا يسيطرون إلا على اقل من 10٪ من النيل الأزرق. يذكر أن حوالي 150 ألف شخص الى جنوب السودان أو إثيوبيا منذ بدء المعارك شهر سبتمبر من سنة 2011، حيث يقيد السودان بشكل كبير حرية الحركة في النيل الأزرق لكل من البعثات الإنسانية، الصحافيين والدبلوماسيين، ونفس القيود تفرض على جنوب كردفان حيث تنشط الحركة الشعبية لتحرير السودان جناح الشمال.