دفن البابا شنودة في منفاه بوادي النطرون

ثلاثة أيام مرت على وفاة البابا شنودة الثالث، وقد تم تحنيطه من خلال عدد من الأطباء التابعين للكنيسة الأرثوذوكسية حتى يتم بقاءه على كرسي الباباوية كي يلقي اقباط مصر نظرة الوداع عليه، حيث تم تحنيط جسده وهو يرتدي ملابس الباباوية كاملة ووضعه على مقعد مارمرقص لمدة 3 أيام على الأقل وتحنيط جسده بما لا يحدث له اي تلف او تغير في جسده، وقد اكدت مصادر كنسية ل الشروق : ان التحنيط لن يؤثر على جسد البابا باعتباره قديس هذا الزمان، مشيرة إلى انه من المتوقع ان يتولى منصب القائم مقام الأنبا باخوميوس مطران البحيرة وهو الأكبر سنا على ان يتم فتح باب الترشح لمنصب البابا خلال40 يوما من رحيله برئاسة لجنة واشرافها من المجمع المقدس
ويجدر بالذكر ان مراسم الدفن تمت في دير الانبا بيشوي في وادي النطرون التابعة لمحافظة المنوفية، حسب وصية البابا شنودة، بأن يدفن في المكان الذي تلقى فيه منصبه لكرسي الباباوية اثناء نفيه في هذا الدير بأمر من الرئيس الراحل أنور السادات حين معارضة البابا لإتفاقية السلام مع اسرائيل ورفضة السفر إلى القدس. وأشارت المصادر إلى ان الكنيسة قد تسلمت التابوت الخاص بنقل جثمان البابا شنودة الثالث، بعد قدومه من روما، استعدادا لنقل جثمان قداسته إلى مثواه الأخيرة، موضحة ان التابوت يزن 102 كلغ، واستلمه في المطار القص بطرس بطرس جيد، ابن شقيق البابا وميخائيل صليب جرجس، مسؤول العلاقات العامة بمطرانية الأقباط الأرثوذوكس. وقد لقي ثلاثة أشخاص مصرعهم، وأصيب العشرات وفقد5 اشخاص داخل الكنيسة بسبب التدافع والتزاحم أمام الكاتدرائية المرقسية في القاهرة، لإلقاء نظرة الوداع على جثمان البابا شنودة الثالث. وبدأت التكهنات في مصر حول خليفة البابا شنودة الثالث، وتحدثت الصحف عن اربعة من قيادات الكنيسة، وهم الانبا بيشوي سكرتير المجمع المقدس للكنيسة القبطية، والانبا موسى اسقف الشباب، والانبا يؤنس سكرتير البابا، والانبا مرقس اسقف شبرا الخيمة (شمال القاهرة).