أبدت التنسيقية الوطنية لأساتذة العلوم الإسلامية، استياءها من القرارات والتوصيات الصادرة عن ندوة إصلاح المنظومة التربوية، كونها "مست مكونات هويته المرتبطة باللغة والدين والتاريخ، بدوافع تبدو ظاهريا بيداغوجية". وأوضحت التنسيقية أنها كانت تنتظر من الندوة ترقيةً وتعزيزا لمادة "التربية الإسلامية " في الأطوار الدراسية الثلاثة استجابة للغايات الكبرى للسياسة التربوية للدولة الجزائرية في تكوين المواطن الصالح ومواجهة الانحراف الفكري والديني والأخلاقي، إلا أنها تفاجأت بتوصيات "مخالفة" لتطلعات الأسرة التربوية بخاصة والمجتمع عامة، فبعد إلغاء تخصص العلوم الإسلامية في المرحلة الثانوية سابقا وما خلفه من جدل واسع سياسيا وإعلاميا واجتماعيا كان مقابل هذا الإلغاء حسب التنسيقية إدراج مادة العلوم الإسلامية كمادة امتحان في جميع الشعب في الامتحانات الرسمية بقرار مجلس الوزراء المنعقد بتاريخ 26 من جوان 2005، وبتوصيات من رئيس الجمهورية تمّ التأكيد على صون وتعزيز مكانة العربية والتاريخ والتربية الإسلامية في المنظومة التربوية، وبذلك صارت مادة العلوم الإسلامية مادة امتحان في شهادة البكالوريا في جميع الشعب. غير أن الندوة الأخيرة، تؤكد التنسيقية، انقلبت على هذا القرار الجمهوري، بإلغاء مادة العلوم الإسلامية من البكالوريا كليا بذريعة أنّها مادة غير مميزة، يمتحن فيها المتعلم مسبقا بدافع التخفيف. وعليه فإن التنسيقية تؤكد على ضرورة الالتزام بقرارات الجمهورية، وترفض أي مساس بمادة العلوم الإسلامية، وتحجيم دورها الأخلاقي والتربوي والعلمي في المنظومة التربوية بإبقائها مادة امتحان في السنة الثالثة نهائي في جميع الشعب. كما تجدد تمسكها بالمطالب التي رفعتها منذ 2005 والمتمثلة في إعادة تخصص شعبة العلوم الإسلامية شأنها شأن التخصصات الأخرى، تعزيز المادة بمعامل ملائم وبحجم ساعي أكبر في جميع الأطوار، إعادة الحجم الساعي المحذوف في السنة الأولى ثانوي (جذع مشترك علوم تجريبية)، إسناد مادة التربية الإسلامية لأستاذ مختص في مرحلة المتوسط، تعميم تدريس المادة في الجامعات الجزائرية في جميع التخصصات. كما دعت التنسيقية في بيان لها كل المسؤولين في الحكومة ووزارة التربية الوطنية لإعادة مراجعة ودراسة توصيات الندوة الأخيرة "لما قد ينجر عنها من عواقب خطيرة فكريا وتربويا واجتماعيا". ودعت كافة الفعاليات الاجتماعية إلى مواجهة كل ما يمس مكونات الشخصية الجزائرية.
