أعلن عدد من المثقفين المصريين في بيان لهم معارضتهم للأزهر بسبب وقوفه ضد حرية الفكر والرأي التي يكفلها الإسلام للجميع، وبفرضه القيود على الكُتاب والمبدعين بسلطة تشبه محاكم التفتيش. وقد جاء هذا الاتهام بعد قرار مجمع البحوث الإسلامية القاضي بمصادرة كتاب ''المرأة المسلمة بين تحرير القرآن وتقييد العلماء'' لمؤلفه جمال البنا بحجة أن الكتاب يحتوى على مخالفات شرعية خطيرة واجتهادات خاطئة. خاصة أن المؤلف ينكر فرضية الحجاب، وأن ما تضمنه الكتاب من أفكار وآراء لا تعدو أن تكون مجرد تخاريف تكرّس لنشر ثقافة التحرر من القيم الإسلامية، في حين اعتبر البنا أن الحجة التي يستند إليها علماء الأزهر في تقييدهم للإجهاد وحرية الفكر والرأي، هو أن الاجتهاد يجب أن يكون حكرا على علماء الأزهر فقط دون غيرهم، مؤكدا على ضرورة تمتع رجل الدين بالاستقلال عن الأزهر، لأنه ليس في الإسلام محاكم للتفتيش، معتبرا أن الفقهاء الذين يضمهم المجمع اتخذوا موقفا من الكتاب، لأنه يتعرض لتفسيرات الفقهاء بشأن المرأة وحدود العورة فيها، واصفا ما يحدث بصورة من ممارسات الكنيسة الكاثوليكية في القرون الوسطى، وهذا أمر مرفوض وعار على مصر يقول البنا. من جهته صرح حمدي الأسيوطي محامي الشاعر أحمد الشهاوي الذي تم مصادرة ديوان شعري له بعنوان ''الوصايا العشر في عشق النساء'' أن قرار مصادرة ديوان الشعر، ليس أول قرار يتم بتوصية من مجمع البحوث الإسلامية، ومثل هذه القرارات تتم بالتمرير وليس بالمناقشة، وان دور المجمع ينحصر فقط في طبع المصاحف ومراجعة الشرائط القرآنية وفحص المؤلفات الدينية فقط وما هو تعدي من المجمع على الحريات.
