مست تغييرات في الهرم الإداري لكليات جامعة مستغانم العديد من المناصب الإدارية والبيداغوجية على خلفية احتجاجات الطلبة التي انتقل بعضها خارج أسوار الجامعة. حيث تم إنهاء مهام العديد من رؤساء الأقسام واستبدالهم بأساتذة آخرين كأقسام علم النفس، علوم الإعلام والإتصال، علم الإجتماع، العلوم والتكنولوجيا والبيولوجيا، وتعيين عميد جديد لكلية الأداب والفنون، إلى جانب استبدال بعض الأمناء العامين للكليات ورئاسة الجامعة، حيث تم تعيين هواري أحمد خلفا للأمينة العامة السابقة وناسة عبيد شريف التي تقلدت هذا المنصب لعدة سنوات، كما تم تعيين أمينة عامة جديدة لكلية العلوم الإجتماعية خلفا للأمين العام السابق الذي أحيل على التقاعد، وإعادة تعيين الأمين العام السابق لكلية العلوم والتكنولوجيا في منصبه بعدما أشرف على تسيير كلية الطب، وقد شهدت معظم الأقسام التي مستها التغييرات احتجاجات متتالية لطالبة أحرار خارج الأطر التنظيمية للمنظمات الطلابية ما أضحى يهدد استقرار الجامعة، وهو ما يكون أحد أسباب التغييرات الجذرية التي أجراها رئيس جامعة عبد الحميد بن باديس قبيل العطلة الربيعية.
