كشفت برقيتان من السفارة الأمريكية في القاهرة، عن لقاء قام به الأنبا شنودة في مصر "بابا الأقباط" مع مسؤولين أمريكيين وصف في إحداها الرئيس المصري السابق بأنه "معتدل" ولا يمثل تهديدا للمسيحيين المصريين، في حين أن الأنبا شنودة رأى أن مفتي جمهورية مصر العربية علي جمعة "شخص متطرف"، كما نعت جماعة الإخوان المسلمين بالشيء نفسه. ونقل موقع ويكيليكس، الذي كان أول من أورد البرقيتين الصادرتين من السفارة المصرية بالقاهرة عامي 2007 و2008، عن المسؤولين الأمريكيين قولهم إن الأنبا شنودة، الذي يشغل منصب بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية وسائر بلاد المهجر، قد وصف مفتي الديار المصرية الشيخ علي جمعة ب "التطرف" وقال إنه لا تجمعه به علاقة قوية. وجاء في البرقية، طبقًا لصحيفة "المصريون": "يعتقد الأنبا أن شيخ الأزهر محمد سيد طنطاوي ووزير الأوقاف المصرية حمدي زقزوق "معتدلان ومحترمان"، ولكن مفتي الديار المصرية الشيخ علي جمعة، على عكس هؤلاء، وأنه "مختلف للغاية". ونقلت البرقية الثانية عن اللقاء الذي جمع السفيرة الأمريكية للقاهرة في حينها مارجريت سكوبي مع شنودة بتاريخ 20 مايو 2008 أن بابا الأقباط قال إن وصف المتطرفين المسلمين ينطبق على جماعة الإخوان المسلمين وعلى مفتي البلاد علي جمعة رغم تعينه من قبل الحكومة. وقالت البرقية إن الأنبا شنودة قال في ذلك الوقت، إن لدى علي جمعة ميول "للتصدي للأمور الشاذة والتافهة". كما أشار شنودة إلى مقابلة قام بها مفتي مصر مع مجلة نيوزويك في 22 يوليو 2008 قال فيها إن الارتداد عن الإسلام مسموح به. علق الانبا شنودة بقوله إن هذا الكلام "مخادع" لقول علي جمعة في نفس الوقت "إن الارتداد ذنب عظيم" ولقول علي جمعة بضرورة احتواء أي نوع من التوتر الاجتماعي. واتهم شنودة الحكومة المصرية في حينها بأنها تتساهل مع جماعة الاخوان المسلمين على وجهة التهديد. وقال، وفق البرقية، رقم 07CAIRO2332: "تبدو الحكومة وكأنها لا تريد مواجهة أيدلوجية الإخوان المسلمين على المستوى الديني". ودلل الأنبا شنودة بذلك على أن الحكومة المصرية تلجأ إلى الصلح العرفي في حالة الاعتداء على المسيحيين. وجاءت البرقيتان لتؤكدا على أن الأنبا شنودة يرى تهديدا ضد المسيحيين المصريين من جماعة الإخوان المسلمين. وبحسب البرقية: "وصف شنودة الاخوان المسلمين بانهم متطرفون، وقال إن المنظمة ضد المسيحيين. ووفق شنودة فان الاخوان تعتزم الحكم بالشريعة الاسلامية، ولكن فقط حسب نسختهم من الشريعة، وقال شنودة إن الاخوان المسلمين يصفون المسيحيين بانهم غير مؤمنين وكذلك المسلمين الذين لا يشتركون معهم في نفس رؤيتهم للقانون الإسلامي" وفق رأيه.
