قال بابا الفاتيكان إن زيارته إلى الشرق الأوسط هي تذكير بالعلاقة الوثيقة التي لا تنفصم بين الكنيسة الكاثوليكية والشعب اليهودي، فيما أشار– في اليوم الثاني لزيارته للأردن- إلى وجود سوء فهم بين المسلمين والمسيحيين وهو ما اعتبره ممثل السلطات الأردنية اعتذارا على تصريحاته المسيئة للإسلام. وألقى بنديكت السادس عشر كلمة أمام حشد من الدبلوماسيين والأكاديميين بمسجد الحسين بن طلال بالعاصمة عمان قائلا إن على المسلمين والمسيحيين النضال كمؤمنين بالله "لأن تاريخنا المشترك أثقل غالبا بحالات سوء الفهم". وأضاف أن الاستغلال الأيديولوجي للدين في بعض الأحيان لأغراض سياسية "كان محفزا على الانقسام والعنف في المجتمع في بعض الأحيان". وحث البابا كذلك المجتمع الدولي والقادة السياسيين والروحيين في العالم على فعل ما بوسعهم لإنقاذ مسيحيي العراق. ومن جانبه شكر الأمير غازي بن محمد بن طلال الذي حضر المناسبة بمسجد الحسين ما اعتبره "اعتذارا من البابا" عن تصريحاته المسيئة للإسلام عام 2006،والتي وصف فيها الإسلام بأنه "دين عنف" . وكان بابا الفاتيكان قد أعرب لدى وصوله يوم الجمعة إلى عمان في مستهل رحلة ستقوده للقدس المحتلة وإسرائيل عن "احترامه العميق" للإسلام، إلا أن ذلك لم يعتبر اعتذارا من قبل جماعة الإخوان المسلمين بالمملكة وطالبه مراقبها العام همام سعيد باعتذار صريح. كما أعلن رئيس اتحاد العلماء المسلمين الشيخ يوسف القرضاوي عن تجميد علاقة الرابطة بالفاتيكان إلى حين حصول الاعتذار. فقد قال الداعية القرضاوي في خطبة الجمعة إن الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين "قرر تجميد العلاقات مع البابا والفاتيكان حتى يصدر منه اعتذار أو موقف يغطي هذا الموقف، ولم يحدث ذلك إلى اليوم". وحول الجدل الذي رافق زيارة البابا إلى المنطقة، قالت مصادر أردنية إن عدم إدراج أكبر كنيسة أرثوذكسية في برنامج زيارته أثار تحفظات لدى رجال الدين الأرثوذكس في الأردن باعتبار أنهم الطائفة المسيحية الأكبر في البلاد. وقال بنديكت ال16 في ثاني يوم من زيارته للأردن, إن وجوده في جبل نبو مصدر إلهام ورغبة في التغلب على جميع العقبات التي تحول دون تحقيق مصالحة بين المسيحيين واليهود. وأطل رأس الكنيسة الكاثوليكية صباحا على الأراضي الفلسطينية وجبال القدس من قمة جبل نبو جنوبي غرب العاصمة عمان حيث أدى الصلاة في كنيسة أقيمت على موقع زاره النبي موسى عليه السلام معلنا بدء رحلة حجه المسيحي إلى الأرض المقدسة. ويعتبر جبل نبو أحد مواقع الحج المسيحي الخمسة في الأردن التي اعتمدها الفاتيكان رسميا مطلع الألفية الثالثة، وزار بعضها البابا الراحل يوحنا بولس الثاني. وانتقل بنديكت ال16 لاحقا إلى مدينة مادبا القريبة من جبل نبو حيث وضع حجر الأساس لجامعة مادبا التابعة للبطريركية اللاتينية. ووفق بيانات الجامعة فإنها ستضم 34 تخصصا تدرس من خلال سبع كليات تشمل ستة تخصصات بالتجارة والعلوم المالية وأربعة بالهندسة وثمانية بالعلوم الصحية وثلاثة تخصصات بتكنولوجيا المعلومات وأربعة بالعلوم ومثلها باللغات والاتصالات وخمسة بالفنون والتصميم. وبالتزامن مع وصوله العاصمة الأردنية، نشر وزير بحكومة رئيس الوزراء الإسرائيلي بنيامين نتنياهو رسالة مفتوحة إلى البابا يطالبه فيها بإدانة رجل دين مسيحي كان قد أنكر وجود المحرقة اليهودية. وذكرت صحيفة تلغراف البريطانية أن وزير الشؤون الدينية الإسرائيلية ياكوف مارغي قال في رسالته إنه يأمل نيابة عن الناجين من المحرقة في إسرائيل والعالم بأن "يقوم قداسته بإدانة أولئك الذين يغذون مسألة إنكار المحرقة والعداء للسامية من أتباع كنيستك".
