جددت إسرائيل دعوتها للبابا بنديكت السادس عشر لزيارة المقدسات المسيحية رغم الأزمة التي نشبت بسبب نوايا لرفع البابا بيوس الثاني عشر الذي شغل كرسي البابوية في العهد النازي إلى مرتبة قديس. وقال سفير إسرائيل في الفاتيكان موتي ليفي: إن الدعوة الموجهة للبابا متجددة. ولا زالت قائمة مضيفا: أن الخلافات يمكن تقليصها، غير أن تاريخ الزيارة لم يحدد بعد. واتهم بعض اليهود البابا بيوس الثاني عشر الذي شغل كرسي البابوية بين عامي 1939 و1958 بأنه غض النظر عن محارق النازيين أثناء الحرب العالمية الثانية، وهو اتهام ينفيه مؤيدوه والفاتيكان. وقال الأب غومبيل وهو من الدعاة الرئيسيين لرفع بيوس إلى مرتبة قديس: إن البابا بنديكت جمد عملية الرفع لأنها ستضر بالعلاقات مع اليهود. وكان الفاتيكان دعا كلا من الكاثوليك واليهود إلى التوقف عن ممارسة ضغوط على البابا بشأن الموضوع. ولم يصدق البابا حتى الآن على المرسوم الذي وافقت عليه في العام الماضي إدارة مختصة بإعلان القديسين والذي يجب أن يصدر من أجل التطويب، وهي الخطوة الأخيرة التي تسبق رفعه إلى مرتبة القديسين، ودعا إلى ما وصفه الفاتيكان بأنه فترة تفكير. ويريد بعض اليهود تجميد الإجراءات لحين القيام بالمزيد من البحوث التاريخية حول تلك الفترة، حيث قال الكثيرون إنه كان ينبغي على البابا بيوس أن يتحدث علنا وبصورة مباشرة لا أن يعمل في صمت. وقال أحد زعماء اليهود الإيطاليين: إذا أرادوا تطويب بيوس قبل إزالة كل الشكوك حول صمته فهم أحرار في ذلك، لكن ينبغي على الفاتيكان أن يعلم أن هذا سيكون بالنسبة لليهود بمثابة فتح جرح يصعب شفاؤه. ويقول الفاتيكان إنه رغم عدم تحدثه علنا فإن البابا بيوس بذل جهده من وراء الستار لمد يد المساعدة لأن التدخل المباشر كان سيزيد من الوضع سوءا بدفع هتلر إلى الرد. ودافع بنديكت مرارا عن البابا بيوس قائلا: إنه عمل سرا وفي صمت خلال الحرب العالمية الثانية لتفادي حدوث الأسوأ وإنقاذ أكبر عدد ممكن من اليهود. ويقول الفاتيكان إنه أنقذ أرواح مئات الآلاف من اليهود بإصدار أوامره إلى الكنائس والأديرة في أنحاء إيطاليا بإخفاء اليهود. كما أصدر تعليماته إلى دبلوماسيي الفاتيكان في أنحاء أوروبا بمنح الكثير من اليهود جوازات سفر مزيفة. يشار إلى أنه لا تزال هناك أزمة أخرى تخيم على العلاقات بين الفاتيكان وإسرائيل تتعلق بمكانة الكنيسة الكاثوليكية ومسألة منح تأشيرات دخول إلى إسرائيل لرجال الدين المسيحيين.
