في منبعه الأساسي سر غامض، يعتبره علماء الجيولوجيا كنزا كبيرا ربما يستحيل كشف رموزه إلى أن تقوم الساعة.. ما من ماء يصل إلى هذا النبع حتى يكتسب خواص ماء زمزم، نقاءه وطهارته. هذه النتيجة ليست نظرية أو غيبية أو منقولة من بطون الكتب القديمة، لكنها خلاصة أبحاث علمية شملت البئروماءه ودرجة نقائه، وشملت مياه آبار أخرى قريبة جدا منه، وجد أنها لا تتمتع بنفس الخواص. يفيض الماء منه منذ آلاف السنين دون أن يجف البئر أو ينقص حجم المياه فيه، وكانت مفاجأة مدهشة للعلماء أثناء توسعة الحرم المكي وتشغيل مضخات ضخمة لشفط المياه من بئر زمزم حتى يمكن وضع الأساسات، أن غزارة المياه المسحوبة قابلها فيضان مستمر في الماء، يفور ويمور كأنه أمواج البحر. فإذا كان العلم يقول هذا ويتعجب منه، فإن بعض المنقطعين للعبادة في الحرم المكي والعاكفين يروون أسرارا لا يجدون لها تفسيرا، فيكتفون باعتبارها من الغيبيات التي توجب الاستذكار أوالدهشة، فماء زمزم الذي يشربونه في انقطاعهم للعبادة تتغير خواصه فيصبح كأنه لبن أو عسل مصفى. وقد حاول البعض تصنيع مياه معدنية لها مواصفات ماءزمزم، ورغم أن نسب مكونات ماء زمزم معروفة، إلا أن كل المحاولات قد باءت بالفشل، وهذا يؤكد أحد أسرار الإعجاز الإلهي لهذا الماء. فقد أثبت العلم الحديث أن ماء زمزم يختلف عن جميع أنواع المياه في العالم، وأن فيه تركيبات ربانية خصه الله بهاولم يتوصل أحد إلى سرها رغم معرفة مكوناتها. ومنذ سنوات أجرى الدكتور محمد عزت المهدي، أستاذ الجيولوجيا بمعهد الدراسات والبحوث البيئية في جامعة الأزهر، أبحاثا تؤكد أن ماء زمزم ينفرد بخصائص تميزه عن جميع أنواع المياه في العالم. ومن بين هذه الخصائص التي أشارت إليها الدراسة: أنه لا يتعفن ولا يتغير طعمه أو لونه أو رائحته، وأنه في هذا مثل عسل النحل الذي لا يتأثر بتعرضه للجو، مختلفا في ذلك عما يحدث لجميع أنواع المياه الأخرى، مثل مياه الأنهار والبحار والأمطار والمياه الجوفية، ويرجع ذلك إلى مكوناته الكيميائية التي تمنع نشاط الجراثيم والبكتيريا والفطريات. بالإضافة إلى ذلك فإن ماء زمزم من أعظم المياه المعدنية المستخدمة في العلاج والاستشفاء على مستوى العالم! ومن الأمور العجيبة في ماء زمزم أنه حلو الطعم رغم زيادة أملاحه الكلية، فلا يشعر من يشربه بملوحته العالية، ولو أن نسبة الأملاح الموجودة في ماء زمزم كانت في أي ماء آخر لمااستطاع أحد أن يشربه.