تعاملت قناة الجزيرة، منذ انطلاق غضب الشارع الذي اصطلح على تسميته بالربيع العربي، مع الأحداث بانحياز واضح إلى طرف دون الآخر، وتجلى ذلك بشكل أكثر وضوحا في الأحداث الأخيرة التي تشهدها جمهورية مصر العربية، خصوصا بعد إغلاق مجموعة من القنوات المصرية المعروفة بتوجهها الإخواني بحجة تأجيجها للفتنة، ما دفع القائمين على قناة الجزيرة لتحويلها إلى لسان حال للإخوان المضطهدين والمظلومين حسبهم، ما أثار حفيظة مجموعة من الإعلاميين المصريين العاملين بالقناة ودفعهم للاستقالة. فقد أكدت الإعلامية فاطمة نبيل خبر استقالتها من قناة الجزيرة مباشر بسبب ما شهدته منذ التحاقها بها من تحيز واضح للتيار الديني والإخواني على حساب الحقائق والوقائع على الأرض. وقالت فاطمة إن تعليمات مباشرة تصدر لمذيعي البرامج الحوارية بالتحيز للإخوان وتحريف الأحداث، مشيرة إلى أن الوقت الحالي والظرف العصيب الذي تمر به مصر يحتاج إلى تكاثف الجميع ضد محاولات إيقاعها في نار الفتنة. كما أكد وسام فضل مراسل قناة الجزيرة مباشر أنه استقال بسبب التدليس والكذب العلني والتضليل الإعلامي وإذاعة مشاهد قديمة لميدان التحرير وهو خال، وتدعي القناة أنه "منذ قليل"، مشيرا إلى أن القناة أصبحت بعيدة عن المهنية والاحترافية أكثر من أي وقت مضى. من جهته، قال حسن عبد الغفار مراسل قناة الجزيرة السابق من محافظة المنيا إنه استقال احتجاجا على سياسة القناة في تغطية الأحداث، وأوضح أنه في كل تغطياته يحاول نقل ما يمليه عليه ضميره بشكل مهني وموضوعي دون أن يملي عليه أحد أي قرارات، مبينا أنه اعترض على تناول القناة للأحداث الأخيرة التي لا يحبذ أن يكون طرفا فيها، مشيرا إلى أن القناة انحازت بوضوح لحركة الإخوان وهذا ما يرفضه. وهو نفس ما ذهبت إليه المذيعة ضحى الزهيري التي بررت استقالتها بالانحياز الواضح من القناة لحركة الإخوان خلال تغطيتها لأحداث 30 يونيو التي شهدت فيها مصر مظاهرات عارمة تطالب بإسقاط الرئيس مرسي والتي قدرت بعض وسائل الاعلام عدد المشاركين فيها بأكثر من 20 مليونا، حيث تجاهلت القناة نقل المظاهرات المطالبة بإسقاط حكم الإخوان واكتفت بنقل تجمعات المناصرين لمرسي وخطاباتهم من رابعة العدوية. يشار إلى أن المؤتمر الصحفي الذي عقده المتحدثان الرسميان باسم القوات المسلحة والشرطة قد شهد طرد مدير مكتب قناة الجزيرة عبد الفتاح فايد بعد رفض عدد من الصحفيين لحضوره وهتافهم "الجزيرة بره" ما دفعه لمغادرة القاعة.
