بعد مرور ست أعوام على وفاته وفيما اعتبر مفاجأة من العيار الثقيل ، كشف تقرير اللجنة المكلفة بالتحقيق مع القيادي المفصول من حركة فتح محمد دحلان عن ضلوعه في تسميم الرئيس الفلسطيني الراحل ياسر عرفات والتخطيط لانقلاب عسكري بالضفة الغربية ومحاولة تصفية قيادات فلسطينية. ووفقا للتقرير الذي أعده كل من رئيس لجنة التحقيق عضو اللجنة المركزية لحركة فتح عزام الأحمد ونائبه الطيب عبد الرحيم ومقرري اللجنة عثمان أبو غربية ونبيل شعث وتسلمه الرئيس محمود عباس قبل أسابيع ونشرت قناة "الجزيرة" تفاصيله ، فإن دحلان متهم بالمشاركة في إدخال علب دواء مسمم للرئيس الراحل ياسر عرفات. وكشف التقرير في هذا الصدد أنه أثناء تواجد عرفات في مستشفى برسي العسكري في باريس ، قام دحلان بمقابلة مسؤول في الحرس الرئاسي برام الله وطلب منه حرق علب الدواء الخاصة بالرئيس الراحل ، وهو ما اعترف به صراحة عدد من مرافقي عرفات عند التحقيق معهم. كما تحدث التقرير عن التحقيق مع دحلان في الضلوع بتنفيذ اغتيالات لقيادات فلسطينية سياسية وإعلامية وتجارية عبر استهدافها بعبوات ناسفة، منهم اللواء كمال مدحت وحسين أبو عجوة والمنسق العام لهيئة الإذاعة والتليفزيون هشام مكي. وبجانب الاغتيالات السابقة ، فقد خضع دحلان أيضا للتحقيق في قضايا رشاوى وفساد وتوظيف للمال العام لصالح شركاته الاقتصادية الخاصة وتم التحقيق معه أيضا بشأن أمواله المودعة ببنوك سويسرا والإمارات ومملكة الجبل الأسود. وأشار التقرير كذلك إلى قيام دحلان بشراء جريدة شيحان الأردنية وتسجيلها باسمه ، لكنه نفى ذلك، كما تم التحقيق معه أيضا في الأموال التي تلقاها من أجل تمويل فضائية "الغد" الأردنية. وفيما ادعى دحلان أثناء التحقيق معه أن مشروع الفضائية تجاري ذو هدف وطني ، أكد موظفون في القناة أثناء استجوابهم أنه طلب منهم التعرض للقيادي في فتح ياسر عبد ربه والرئيس محمود عباس. وبجانب ما سبق ، وجهت لدحلان أيضا - بحسب تقرير لجنة التحقيق - تهم باستهداف مقر الرئاسة ومبان حكومية وأمنية أخرى ، حيث عمل على تجنيد ضباط وموظفين في مؤسسة الرئاسة والأجهزة الأمنية لصالحه ومنهم أبو عوض مسؤول الحرس الرئاسي الذي تعرض للتهديد بعد رفضه ذلك ، ونتيجة لهذا قام الإسرائيليون باعتقاله. كما اتهم دحلان بزرع أجهزة تنصت في عدد من المباني الوزارية والأمنية ومكاتب شخصيات مختلفة ، ورغم وجود تسجيلات صوتية لدحلان مع شخصيات أمنية فلسطينية تؤكد ذلك فإنه نفى هذا الأمر. وخطط دحلان -حسب التقرير أيضا - لتنفيذ انقلاب عسكري في مدن الضفة الغربية والانقلاب على سلطة الرئيس أبو مازن . كما وجهت لدحلان تهم بإبرام صفقات أسلحة مع تجار عرب داخل الخط الأخضر واعترف نشطاء في كتائب الأقصى بجنين بنية دحلان تنفيذ مخطط عسكري بمدن الضفة. وبالإضافة إلى ما سبق ، اتهم دحلان بالحصول على ثلاثمائة ألف دولار من الجنرال الأمريكي كيث دايتون عام 2005 لتشكيل قوى أمنية تابعة له بغزة ، وكذلك اختلاس أموال من ملف الانسحاب من المستوطنات في خطة الفصل الأحادي الجانب والمتاجرة في التمور الإسرائيلية. ورغم أن أنباء ترددت حول أن السلطة الفلسطينية تتعرض لضغوط دولية وإسرائيلية لطي ملف دحلان وعدم محاكمته ، إلا أن الوقائع على الأرض ترجح أنه لن يفلت من العقاب مهما طال الوقت .
