رغم أن جامعة الدول العربية قد تحولت في عهده إلى هيئة تابعة للنظام المصري بشكل واضح، ليس من خلال المقر والعمال فقط، وإنما أيضا من خلال المواقف المتخاذلة تجاه كبريات القضايا المصيرية للأمة، إلا أن حالة من الغموض تسود حيال بقاء الأمين العام للجامعة عمرو موسى في منصبه، في ضوء تهديده مؤخرا بالاستقالة وعدم الانتظار حتى نهاية ولايته الحالية، بسبب اتساع الهوة مع مجموعة من دول الخليج، ومن بينها السعودية، فضلا عن الأردن والمغرب، على خلفية اعتراض تلك الدول على الطريقة التي اعتمدت بها قمة سرت العربية قرارات تطوير الجامعة ورابطة دول الجوار· وكانت قرارات القمة فجرت خلافات حادة بين موسى وعدد من الدول، بسبب ما اعتبرته تلك الدول تجاوزا منه لصلاحياته بتغيير جدول أعمال قمة سرت بالتعاون مع ليبيا رئيسة القمة، خاصة فيما يتعلق بقضية العمل العربي المشترك ورابطة دول الجوار العربي، حيث قدمت عدد من الدول مذكرات إلى الأمانة العامة لجامعة الدول العربية، للاعتراض على أحد بنود مشروع قرار تطوير منظومة العمل العربي المشترك، الذي تم تمريره في الجلسة الختامية للقمة الاستثنائية· وكشفت مصادر دبلوماسية، أن هناك جهودًا تبذلها مصر حاليا في محاولة لتطويق تلك الخلافات التي برزت على السطح، حيث تخشى أن يؤدي اعتراض السعودية خصوصا على مقررات قمة سرت إلى انعكاسات سلبية على مساعيها الرامية للتجديد له في منصبه لولاية ثالثة في العام المقبل· واستبعدت المصادر إقدام موسى على تنفيذ تهديده بالاستقالة من منصبه قبل انتهاء ولايته الحالية أو حتى رفض التجديد له، خاصة مع عدم وجود مرشح بديل لدى القاهرة لترشيحه خلفا له، وبعد أن نجحت في إثنائه عن رغبته التي أبداها قبل شهور بالتخلي عن منصبه وعدم التمديد فيه لولاية جديدة في العام المقبل، وبعد أن كان ألمح إلى عزمه الترشح لانتخابات رئاسة الجمهورية قبل أن يتراجع عن ذلك لاحقا·