توجد قناة الجزيرة وسط جدل كبير اثر استقالة اثنين من أشهر صحفييها من منصبهما تنديدا ب"قلة احترافية و موضوعية" هذه الوسيلة الإعلامية في تغطية و معالجة الأحداث الراهنة. و كان الصحفي غسان بن جدو المكلف منذ سنوات بمكتب الجزيرة الهام ببيروت أول من استقال. و حسب صحيفة السفير اللبنانية التي نقلت تصريحاته أكد غسان بن جدو أن هذه القناة تقوم ب "الدعاية" و تحولت مع مر الزمن إلى "غرفة عمليات للتعبئة و لزعزعة الاستقرار". و قال أن هذه القناة "انتقلت من قناة تلفزيونية إلى خلية عمليات تشجع التحريض و الاستفزاز". كما ادى ريح الاحتجاج الذي يهب على قاعات تحرير الجزيرة الى استقالة منشط حصة "الاتجاه المعاكس" السوري فيصل قاسم. و أمام الوضعية السائدة في عدد من البلدان العربية التي تواجه انتفاضات شعبية جندت الجزيرة وسائل ضخمة للقيام بتغطية إعلامية واسعة النطاق و لكن حسب ما أكده الخبراء في الاتصال "تتغاضى" في تغطيتها عن المعايير الأساسية لكل ممارسة صحفية والمتمثلة في الموضوعية و صحة الأحداث التي يتم نقلها. و كشف هؤلاء أن نوع التغطية المطبقة لمعالجة الانتفاضات المسجلة في ليبيا و اليمن و سوريا مع تحويل الكاميرا عن أحداث البحرين يظهر جليا "الانحياز الصارخ" الذي تتبناه هذه القناة. كما أكدوا أن هذه القناة راحت "تستعمل و تستغل" معلومات و أصداء سمعية "تحريضية أو خاطئة" نقلتها في معظمها من مواقع الإنترنت أو استقتها لدى شهود "دون التحقق منها" مسبقا و التأكد من صحتها. و يرى مختصون عرب في وسائل إعلام تلفزيونية أن الجزيرة تعمل في "تناقض فادح" مع الممارسة الصحفية العالمية المعترف بها و المتمثلة في "نقل الأحداث بصرامة وباكبر قدر من الموضوعية". و أكد محمد العويفي مختص في علم السياسة و أستاذ محاضر بمعهد العلوم السياسية بباريس أن هذه القناة تغطي الأحداث البارزة على الساحة العربية من خلال الخلط بين "الالتزام والروح النضالية". نفس الملاحظة ابدتها كلير طالون باحثة في العلوم السياسية بباريس و صاحبة كتاب حول الجزيرة حيث أكدت أن هذه القناة تجمعها علاقات "غامضة" مع الإدارة الامريكية. و ذكرت في هذا الصدد بالبث "الحصري" من قبل هذه القناة لأشرطة تخص تنظيم القاعدة في حين ان هذه الاشرطة تخضع للمعاينة القبلية من طرف سفارة الولاياتالمتحدة بقطر. و اشارت الباحثة في حوار نشرته مؤخرا اسبوعية "تيموانياج كريتيان" الفرنسية ان بث هذه الاشرطة يتم عندما تكون الأوضاع تخدم "الدعاية الامريكية" بمنطقة الشرق الاوسط و أفغانستان و غيرها. كما يعتبر السفير الامريكي بالدوحة ان قناة الجزيرة تعد "أداة دبلوماسية فعالة" حسب ما نقله موقع ويكيليكس في شهر ديسمبر الفارط. و كان ما نشره موقع ويكيليكس أثر على دولة قطر التي اتهمت باستعمال هذه القناة كمقابل في مفاوضات سياستها الخارجية. ويجمع الملاحظون و الاخصائيون في عالم السمعي البصري على أن الجزيرة "ليست منزهة" سيما بعد طريقة نقلها للإشاعات التي أطلقها المجلس الوطني الانتقالي الليبي لتوريط الجزائر من خلال اتهامها بإرسال مرتزقة إلى ليبيا. و بالرغم من التفنيذات التي قدمتها وزارة الشؤون الخارجية الجزائرية "تتعنت القناة القطرية بمحاولة إعطاء المصداقية فقط لرأي المجلس الوطني الانتقالي الليبي الذي نفى العديد من أعضائه الإشاعة". و يبدو أن هؤلاء المختصين قد عززوا و اقتنعوا بمواقفهم بالنظر إلى المعالجة "الخاصة" التي تقوم بها قناة الجزيرة حول الانتفاضات الشعبية ببعض الدول العربية و موجة الاحتجاجات التي تزداد حدتها أكثر فأكثر لدى العديد من الصحافيين و التقنيين بمختلف اقسام هذه القناة.
