توفي ليلة أول أمس الدكتور محمد هنداي بمعهد اللغة العربية وآدابها بجامعة 20 أوت 1955 بسكيكدة عن عمر يناهز ال45 سنة وحسب مصادر عليمة للفجر فإن المرحوم توفي بسكتة قلبية قبل أن يصل إلى المستشفى بعد نقله من مقر سكناه ببلدية السبت شرقي سكيكدة أين لفظ أنفاسه الأخيرة في الطريق إليه. ويذكر أنه ترأس معهد اللغة العربية في السنوات الأولى من فتح جامعة سكيكدة أين ذكر له الحزم في العمل، حسن السلوك وهدوء الطباع.